针对“不让员工孩子在食堂吃饭如何处理”的问题，首先我们要明确的是，任何关于员工孩子是否在食堂吃饭的规定，都应当基于自愿、公平和合理的原则。以下是一些建议来处理这个问题：

一、明确政策与沟通

1. 制定明确政策：公司或机构应制定关于员工孩子是否在食堂吃饭的具体政策，明确是否允许、有何条件或限制，并确保政策符合相关法律法规。
2. 广泛沟通：与员工进行充分沟通，解释政策制定的原因、目的和具体内容，确保员工理解并接受。

二、尊重员工选择

1. 自愿原则：员工孩子是否在食堂吃饭应完全基于员工和孩子的自愿，不应有任何强制或变相强制的行为。
2. 提供替代方案：如果员工选择不让孩子在食堂吃饭，公司应提供合理的替代方案，如允许员工自行安排孩子的午餐或提供附近可靠的餐饮信息。

三、加强监管与反馈

1. 设立反馈渠道：建立有效的反馈机制，让员工能够随时反映关于食堂的问题或建议，包括关于孩子吃饭的问题。
2. 定期评估与改进：定期对食堂的管理和服务进行评估，根据员工的反馈和实际情况进行改进，以更好地满足员工和孩子的需求。

四、考虑特殊需求

1. 关注特殊群体：对于有特殊饮食需求或过敏情况的孩子，食堂应提供相应的餐饮选项或特别安排。
2. 灵活处理：在遇到特殊情况或紧急事件时，公司应灵活处理员工孩子吃饭的问题，确保员工的权益得到保障。

综上所述，处理员工孩子是否在食堂吃饭的问题需要综合考虑多个方面，包括政策制定、员工沟通、尊重选择、加强监管以及考虑特殊需求等。通过这些措施的实施，可以确保问题的合理解决，同时维护员工和孩子的权益。