您好，关于单位分两笔发全年一次性奖金是否合法的问题，这主要取决于具体的税务处理和合规性。以下是对此问题的详细解答：

首先，全年一次性奖金是单位根据员工全年工作业绩和经济效益发放的一次性奖励。在税务上，一个纳税年度内，全年一次性奖金单独计税办法只允许采用一次。这意味着，如果单位分两笔发放全年一次性奖金，员工需要选择其中一笔适用单独计税政策，另一笔则需并入当年综合所得进行计税。

从合规性角度来看，单位在发放全年一次性奖金时，应确保遵守相关税收法规和劳动法规的规定。如果单位确实因为业务需要或其他合理原因需要分两笔发放奖金，并且这两笔奖金都符合全年一次性奖金的定义和条件，那么这种做法在合规性上是没有问题的。但关键在于，员工需要按照税务规定正确处理这两笔奖金的计税方式。

对于员工来说，选择哪一笔奖金适用单独计税政策，哪一笔并入综合所得计税，需要根据自己的综合所得情况、税负影响以及个人税务规划来决定。如果处理不当，可能会在年度个人所得税汇算清缴时面临补缴税款的风险。

因此，建议单位在发放全年一次性奖金时，与员工进行充分沟通，明确奖金的发放方式、计税方式以及相关的税务责任。同时，员工也需要了解自己的税务义务和责任，合理规划税务，确保合规性并避免潜在的风险。

总的来说，单位分两笔发全年一次性奖金在合规性上是没有问题的，但关键在于员工需要按照税务规定正确处理这两笔奖金的计税方式。如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业的税务机构或人员以获取更准确的解答和建议。