考勤员工上午不打卡是否可以扣全勤奖金，取决于公司的具体考勤管理制度以及劳动合同中的相关约定。下面我将从几个角度进行详细分析：
公司考勤管理制度：
- 大多数公司会制定详细的考勤管理制度，明确员工上下班打卡的时间、次数以及迟到、早退、旷工等情形的处理办法。如果公司制度中明确规定，上午不打卡属于迟到或旷工，且与此类违规行为相对应的处罚措施中包括扣除全勤奖金，那么公司有权根据制度执行扣罚。
劳动合同中的约定：
- 劳动合同是员工与公司之间权利与义务的重要约定。如果劳动合同中明确规定了考勤要求及违规处理办法，包括全勤奖金的扣罚条件，那么公司可以依据劳动合同中的约定进行扣罚。
合理性与合法性：
- 公司在扣罚全勤奖金时，必须确保其行为既合理又合法。合理意味着扣罚应与公司制度、劳动合同中的约定相符，且扣罚程度应与违规行为相匹配；合法则意味着公司的扣罚行为不能违反国家法律法规的相关规定。
特殊情况的考虑：
- 在某些特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）导致上午无法打卡，或者公司因系统故障等原因无法正常记录考勤，公司应酌情考虑是否扣罚全勤奖金。
综上所述，考勤员工上午不打卡是否可以扣全勤奖金，需要综合考虑公司的考勤管理制度、劳动合同中的相关约定以及合理性与合法性等因素。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。