针对您提出的问题，即“双方签定合同后又签二次协议，但一方仍未照协议办事，另一方法院起诉照那次合同”，我的分析如下：
核心结论：在双方先后签订两次协议的情况下，若一方未按照后签订的协议履行，另一方在法院起诉时，通常会依据后签订的协议（即二次协议）来主张权利，因为后协议往往视为对前协议的修改或补充。
分析说明：
合同与协议的法律效力：无论是初次签订的合同还是后续签订的二次协议，只要它们符合法律的规定，如双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或社会公共利益等，那么这些合同或协议都是具有法律效力的。
后协议对前协议的影响：在双方签订二次协议后，该协议通常会被视为对初次签订合同的修改或补充。如果二次协议中的内容与初次合同中的内容不一致，那么一般会以二次协议为准，因为它代表了双方最新的意思表示。
诉讼时的依据：在发生纠纷并诉诸法院时，法院会审查双方提交的所有证据，包括初次合同和二次协议。在判断哪份协议应作为判决依据时，法院会综合考虑协议的签订时间、内容以及双方的实际履行情况等因素。通常情况下，后签订的协议会被视为双方最新的、更真实的意思表示，因此更有可能被法院采纳作为判决依据。
特殊情况：当然，也存在一些特殊情况。比如，如果二次协议是在欺诈、胁迫等非法手段下签订的，或者其内容违反了法律的强制性规定，那么该协议可能会被法院认定为无效。在这种情况下，法院可能会依据初次合同或其他相关证据来作出判决。
综上所述，当双方签订二次协议后，一方未按照协议履行时，另一方在法院起诉时通常会依据后签订的二次协议来主张权利。但具体判决结果还需根据法院对案件的全面审查和判断来确定。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。