劳动合同规定缺勤5天以上算主动离职，这一条款的合法性需要根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同的内容应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。

1. 从法律角度来看：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》并未明确规定缺勤多少天可以视为自动离职。因此，这一条款并非法律的强制性规定。
   • 但是，如果劳动合同中明确约定了缺勤5天以上算主动离职，并且这一约定不违反法律、法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫或者乘人之危等情形，那么这一条款在合同双方之间是具有法律效力的。

2. 从实践角度来看：

   • 用人单位在制定劳动合同条款时，应当考虑条款的合理性、公平性以及对劳动者的影响。如果缺勤5天就视为自动离职，这一条款可能对于劳动者来说过于严苛，尤其是在某些特殊情况下（如因病缺勤、因公外出等）。
   • 因此，在实践中，用人单位通常会根据具体情况来灵活处理劳动者的缺勤问题，而不是简单地依据合同条款来解除劳动合同。

3. 建议：

   • 对于劳动者来说，如果劳动合同中存在这样的条款，应当仔细阅读并理解其含义，同时保留好相关证据（如劳动合同文本、缺勤记录等），以便在发生争议时维护自己的合法权益。
   • 对于用人单位来说，在制定劳动合同条款时，应当遵循法律、法规的规定，确保条款的合法性、合理性和公平性。同时，在处理劳动者的缺勤问题时，应当考虑具体情况，避免简单地依据合同条款来解除劳动合同，以免引发不必要的法律纠纷。

综上所述，劳动合同规定缺勤5天以上算主动离职的合法性需要根据具体情况来判断。如果这一条款不违反法律、法规的强制性规定，并且在合同双方之间具有法律效力，那么用人单位可以依据这一条款来解除劳动合同。但是，在处理这一问题时，用人单位应当考虑具体情况，确保处理的合理性和公平性。