结论：旷离扣1000工资是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同及规章制度角度：

   • 合法情形：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，包括扣除一定数额的工资，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这些规定扣除工资可能是合法的。但扣除的数额应当合理，不能过分高于旷工给公司造成的实际损失。
   • 不合法情形：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定旷工可以扣除工资，或者规定的扣除数额不合理（如扣除数额远高于旷工给公司造成的实际损失），那么公司扣除工资的行为可能不合法。

2. 法律法规角度：

   • 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 旷离与工资扣除：旷离（即擅自离职）本身并不直接等同于给公司造成经济损失，除非公司能证明旷离导致了具体的经济损失（如因旷离导致的工作延误、客户流失等）。如果公司不能证明旷离造成了经济损失，或者扣除的工资数额超过了法律法规规定的限额，那么扣除工资的行为可能不合法。

3. 实际操作建议：

   • 核实规定：首先，核实劳动合同和公司规章制度中是否有关于旷工处罚的规定，以及这些规定是否合法合理。
   • 沟通协商：如果认为公司扣除工资的行为不合法，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除工资的依据和合理性。
   • 法律途径：如果沟通协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明：假设某员工的月工资为5000元，公司规章制度规定旷工一天扣除500元工资。如果该员工旷工两天，公司扣除1000元工资。在这种情况下，如果公司能证明旷工导致了具体的经济损失，并且扣除的数额没有超过员工当月工资的20%（即1000元未超过5000元的20%），那么扣除工资的行为可能是合法的。但如果公司不能证明旷工造成了经济损失，或者扣除的数额超过了法律法规规定的限额，那么扣除工资的行为就不合法。

总结与建议：旷离扣1000工资是否合法，需结合劳动合同、公司规章制度以及法律法规进行综合判断。如果认为公司扣除工资的行为不合法，建议及时与公司沟通协商或寻求法律途径解决。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。