面对公司不配合工伤认定的情况，职工不能直接向法院起诉，而应按照法定程序逐步推进，以维护自己的合法权益。以下是从不同角度为你详细分析的处理流程和建议：
一、不能直接起诉的原因
工伤待遇纠纷属于劳动争议范畴，根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条的规定，劳动争议发生后，当事人应当先向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，才可以向人民法院提起诉讼。这一“仲裁前置”程序是处理劳动争议的法定流程，旨在通过仲裁机构的专业调解和裁决，快速、有效地解决劳动纠纷，减轻法院的诉讼压力。
二、正确的处理流程
自行申请工伤认定
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第十七条，用人单位未提出工伤认定申请的，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 准备材料：包括劳动合同文本复印件或劳动关系证明材料（如工资支付记录、工作证、考勤记录等）、医疗机构出具的受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书、事故现场的证人证言、相关的工作记录等其他与工伤认定相关的证据。
- 申请流程：携带材料向当地人力资源和社会保障局提出工伤认定申请，填写工伤认定申请表。社会保险行政部门将在15日内审核材料，并可能进行调查核实。用人单位不配合调查的，社保部门可责令其限期提交材料，逾期不提交则相关费用由用人单位负担。一般情况下，社保部门自受理申请之日起60日内作出工伤认定决定，特殊情况可在15日内作出。
确认劳动关系（如需）
- 若未签订劳动合同或公司否认劳动关系，需先确认劳动关系。向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，附上相关证据材料。仲裁委员会进行审查、受理、审理，并作出裁决。对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼，请求确认劳动关系。
劳动能力鉴定
- 工伤职工经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，应进行劳动能力鉴定。鉴定由用人单位、工伤职工或其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供相关材料。
协商赔偿
- 工伤认定和劳动能力鉴定完成后，工伤职工应与用人单位就工伤待遇进行协商，尝试达成赔偿协议。
申请劳动仲裁
- 若协商不成，工伤职工可向用人单位所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时需准备相关证据材料，如工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论、医疗费用单据等。申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
提起诉讼
- 若工伤职工对仲裁裁决不服，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内（部分地区可能为三十日，具体以当地规定为准）向人民法院提起诉讼。逾期不起诉的，仲裁裁决书将发生法律效力。
三、寻求其他帮助
与公司协商
- 尝试与公司沟通，说明工伤认定的必要性，争取其配合。在协商过程中，可以强调工伤认定对双方的好处，如避免后续的法律纠纷、保障职工的合法权益等。
投诉举报
- 向劳动监察部门投诉公司的不配合行为，劳动监察部门可依法查处并责令改正。劳动监察部门具有行政执法权，可以对公司的违法行为进行处罚，从而促使其配合工伤认定。
寻求工会帮助
- 若公司有工会组织，可向工会寻求协助。工会将代表职工与用人单位沟通协调，维护职工的合法权益。工会作为职工的代表组织，具有与用人单位平等协商的权利，可以更有效地推动工伤认定的进程。
四、注意事项
- 在整个处理过程中，保持冷静和理性至关重要。不要因为情绪激动而采取过激行为，以免影响自己的权益维护。
- 务必确保所有提交的材料真实有效，以免因虚假信息导致不利后果。虚假信息不仅会影响工伤认定的结果，还可能面临法律责任。
- 及时关注并遵守当地的法律法规和时限要求，以免错过关键步骤或期限。不同地区的法律法规和时限要求可能有所不同，因此需要仔细了解并遵守当地的规定。
综上所述，面对公司不配合工伤认定的情况，职工应按照法定程序逐步推进，通过自行申请工伤认定、寻求工会或劳动监察部门的帮助以及通过法律途径解决争议等方式，有效地推动工伤认定的进程并获得应有的赔偿。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。