厂房改造公寓出租是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若厂房改造公寓出租未经规划、建设等部门审批，则不合法

   • 法律背景：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何单位和个人进行建设活动，包括对既有建筑进行改造，都需要依法取得建设工程规划许可证。若厂房改造公寓出租未经过相关部门的审批，擅自改变建筑用途和结构，就违反了城乡规划法的规定。
   • 法律后果：对于未经审批擅自改造并出租的行为，相关部门有权责令停止建设、限期改正，并处以罚款。若情节严重，还可能面临拆除违法建筑等更严厉的处罚。

2. 若厂房改造公寓出租虽经审批，但改造不符合安全标准或消防要求，则同样不合法

   • 法律背景：除了规划审批外，厂房改造公寓出租还需要满足建筑安全、消防等方面的要求。例如，改造后的公寓需要符合《建筑设计防火规范》等消防安全标准，确保人员疏散、消防设施配备等方面的安全性。
   • 法律后果：若改造后的公寓不符合安全标准或消防要求，相关部门有权要求整改，直至达到标准。若拒不整改或整改不到位，同样可能面临罚款、停业整顿等处罚。

3. 若厂房改造公寓出租完全符合相关法律法规和审批要求，则是合法的

   • 法律背景：在符合城乡规划、建筑安全、消防等所有相关法律法规和审批要求的前提下，厂房改造公寓出租是合法的。这意味着改造过程需要依法进行，改造后的公寓需要满足所有相关的安全标准和要求。
   • 建议：对于想要进行厂房改造公寓出租的业主或投资者来说，务必在改造前咨询当地规划、建设、消防等部门，了解具体的审批要求和流程。在改造过程中，要严格按照相关法律法规和审批要求进行施工和装修。改造完成后，还需要进行相关的验收和备案工作，确保公寓的合法性和安全性。

额外提醒：即使厂房改造公寓出租在法律上是合法的，业主或投资者还需要考虑市场需求、租金水平、物业管理等多方面因素。同时，在出租过程中，要遵守相关的租赁法律法规，保障租客的合法权益，避免产生不必要的法律纠纷。

总结：厂房改造公寓出租的合法性取决于是否符合相关法律法规和审批要求。若未经审批或改造不符合安全标准、消防要求等，则是不合法的；若完全符合相关要求，则是合法的。因此，在进行厂房改造公寓出租前，务必咨询相关部门并了解具体的法律法规和审批要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。