将自建房改为公寓出租是否合法，需视具体情况而定，主要取决于是否满足相关法律法规的要求以及是否取得了必要的行政许可。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法性前提：符合规划与建设要求
规划许可：自建房若原本规划用途为住宅，而你想将其改为公寓出租，这通常涉及到改变房屋用途的问题。根据《城乡规划法》等相关规定，改变房屋用途需经过城乡规划主管部门的批准，并办理相应的规划变更手续。若未经批准擅自改变用途，可能面临责令限期改正、罚款等行政处罚。
建设标准：公寓作为出租用途，需满足一定的建设标准，如消防安全、卫生条件、通风采光等。若自建房在改造过程中未达到这些标准，不仅可能影响租客的居住体验，还可能因安全隐患而面临法律责任。
二、合法性关键：取得必要的行政许可
房屋安全鉴定：在改造前，建议对自建房进行安全鉴定，确保房屋结构安全，能够承受改造后的使用负荷。若鉴定结果显示房屋存在安全隐患，需先进行加固或维修，确保安全后再进行改造。
消防验收：公寓作为人员密集场所，需通过消防验收，确保消防设施完备、疏散通道畅通等。若未经消防验收或验收不合格，不得投入使用，否则可能面临罚款、停业整顿等处罚。
出租登记备案：根据《商品房屋租赁管理办法》等相关规定，房屋出租需向当地房地产管理部门进行登记备案。未进行登记备案的，可能面临罚款等行政处罚。
三、合法性保障：遵守租赁合同规定
合同内容合法：在签订租赁合同时，需确保合同内容合法、合规，明确双方的权利和义务。如租金、租期、维修责任、违约责任等条款需清晰明确，避免产生纠纷。
租客权益保护：作为房东，需尊重租客的合法权益，如提供安全的居住环境、保障租客的隐私等。若因房东原因导致租客权益受损，房东需承担相应的法律责任。
四、可能面临的法律后果
若自建房改为公寓出租未满足上述条件，可能面临以下法律后果：
行政处罚：如未经规划许可改变房屋用途、未通过消防验收等，可能面临罚款、责令限期改正、停业整顿等行政处罚。
民事纠纷：若因房屋安全问题、租赁合同纠纷等导致租客权益受损，房东可能需承担民事赔偿责任。
刑事责任：在极端情况下，如因房屋安全隐患导致重大安全事故发生，房东可能还需承担刑事责任。
建议：在将自建房改为公寓出租前，务必咨询当地城乡规划、建设、消防等部门，了解相关法律法规和政策要求，确保改造过程合法合规。同时，在签订租赁合同时，建议咨询专业律师，确保合同内容合法、合规，保障双方权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。