结论：上四休三扣薪变减工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合劳动合同的约定以及是否低于当地最低工资标准。
分析：
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应当明确约定工作时间和工资报酬等条款。
- 如果劳动合同中明确规定了“上四休三”的工作制度以及相应的工资标准，那么用人单位在未经劳动者同意的情况下，单方面改变工作制度并降低工资，是违法的。
最低工资标准：
- 即使劳动合同中没有明确规定“上四休三”的工作制度，用人单位在调整工作制度并降低工资时，也必须确保劳动者的工资不低于当地的最低工资标准。
- 如果调整后的工资低于最低工资标准，那么这种调整是违法的，劳动者有权要求用人单位补足差额。
实际工作时间的计算：
- 在“上四休三”的工作制度下，劳动者实际的工作时间可能少于标准工作时间（如每周40小时）。然而，这并不意味着用人单位可以随意降低劳动者的工资。
- 工资的计算应基于劳动者实际提供的工作量或工作时间，以及劳动合同中的约定。如果用人单位因为调整工作制度而减少劳动者的工资，但劳动者实际提供的工作量或工作时间并未相应减少，那么这种调整是不合理的。
建议：
- 与用人单位协商：如果劳动者发现用人单位在未经同意的情况下单方面改变了工作制度并降低了工资，首先可以尝试与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的需求，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
示例：
假设某劳动者与用人单位签订的劳动合同中明确规定了“上五休二”的工作制度以及相应的工资标准。后来，用人单位未经劳动者同意，单方面将工作制度改为“上四休三”，并降低了工资。在这种情况下，劳动者可以依据劳动合同的约定以及最低工资标准的规定，要求用人单位恢复原工作制度或补足工资差额。如果用人单位拒绝，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。