结论：公司上四休三却扣发底薪的行为，是否违反劳动法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、若上四休三的工作安排符合法律规定的工作时间和休息休假制度
法律规定的工作时间：根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果公司上四休三的工作安排，使得劳动者每周实际工作时间未超过法定标准，且劳动者同意该工作安排，那么这种工作制度本身是合法的。
底薪的支付：底薪是劳动者在正常工作时间内应得的固定报酬。如果公司上四休三的工作安排并未导致劳动者工作时间减少至低于法定标准，且公司扣发底薪没有合法依据（如劳动者未违反公司规章制度、未造成公司损失等），那么公司扣发底薪的行为就违反了劳动法中关于劳动报酬支付的规定。
二、若上四休三的工作安排不符合法律规定的工作时间和休息休假制度
超时工作：如果公司上四休三的工作安排导致劳动者每周实际工作时间超过了法定标准，那么这种工作制度就违反了劳动法中关于工作时间的规定。在这种情况下，公司不仅不能扣发底薪，还需要按照法律规定支付加班费。
休息休假权益：劳动者有权享受法定的休息休假权益。如果公司上四休三的工作安排侵犯了劳动者的休息休假权益（如未安排足够的休息日、未支付加班费等），那么公司同样需要承担相应的法律责任。
三、特殊情况下的考虑
综合计算工时制：如果公司实行综合计算工时制，且该制度已经劳动行政部门批准，那么劳动者的工作时间可以在一定周期内综合计算。在这种情况下，即使公司上四休三的工作安排导致劳动者在某些周的工作时间超过了法定标准，但只要整个周期内的平均工作时间未超过法定标准，就不视为违法。然而，这并不意味着公司可以随意扣发底薪，底薪的支付仍需遵循劳动法的相关规定。
不定时工作制：对于实行不定时工作制的劳动者，其工作时间不受法定工作时间的限制。但是，这同样不意味着公司可以随意扣发底薪。底薪的支付应基于劳动者实际提供的工作量或工作成果，并遵循劳动法的相关规定。
四、法律建议
与公司协商：如果劳动者认为公司上四休三却扣发底薪的行为违法，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司支付应得的底薪。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对公司进行调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：公司上四休三却扣发底薪的行为是否违法，需结合具体的工作时间安排、底薪支付依据以及是否实行特殊工时制度等因素进行综合判断。如果劳动者认为公司的行为违法，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。