工资分开发放是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形：
- 合理拆分：如果用人单位将工资拆分为基本工资、绩效工资、奖金等合理部分，并且这些拆分符合劳动合同的约定，同时用人单位能够提供相应的工资条或支付记录，明确展示各项工资的构成和发放情况，那么这种分开发放的方式是合法的。例如，劳动合同中明确约定了基本工资为3000元，绩效工资为2000元，且每月根据员工的工作表现发放绩效工资，这种情况下工资分开发放就是合法的。
- 特殊支付方式：在某些特殊情况下，如员工因出差、请假等原因导致当月工资发放时间或金额有所变动，用人单位为了准确计算和发放工资，可能会选择将部分工资延迟发放或分开发放。只要这种支付方式符合劳动合同的约定，并且用人单位能够及时、足额地支付员工工资，那么也是合法的。
非法情形：
- 逃避税收或社保：如果用人单位将工资分开发放是为了逃避税收或社保缴纳义务，例如将部分工资以现金形式发放且不纳入个税申报或社保缴费基数，那么这种行为就是违法的。根据相关法律法规，用人单位必须按照员工的实际工资收入缴纳社保和个税，任何逃避缴纳义务的行为都将受到法律的制裁。
- 未足额支付：如果用人单位将工资分开发放，但导致员工实际收到的工资低于劳动合同约定的工资标准或当地最低工资标准，那么这种行为也是违法的。用人单位必须确保员工每月收到的工资不低于约定的标准或最低工资标准，否则将构成拖欠工资或未足额支付工资的行为。
法律建议：
- 对于员工而言，如果发现用人单位存在工资分开发放的情况，首先应当查看劳动合同中是否有相关约定，并要求用人单位提供详细的工资条或支付记录。如果用人单位无法提供或提供的记录与实际情况不符，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应当确保工资分开发放的合法性和合理性，避免因为不当操作而引发劳动纠纷。在制定工资支付制度时，应当充分考虑员工的利益和需求，确保工资支付的透明度和公正性。
可能后果：
- 如果用人单位存在非法分开发放工资的行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。同时，员工也有权要求用人单位补发工资差额、支付经济补偿金等。在严重情况下，用人单位还可能面临法律诉讼和声誉损失等后果。
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