机关单位未参加年度考核人员能否发放年终一次奖金，这个问题并没有一个绝对的答案，而是需要根据具体情况和法律规定来判断。以下是从几个不同角度进行的分析：
法律规定与年终奖性质：
- 年终奖是单位根据当年度单位经济效益给予员工的一种奖励，属于奖金的范畴，是劳动报酬的一部分。
- 根据《江西省工资支付规定》等类似法规，工资包括奖金，且用人单位应依据国家有关规定或劳动合同的约定支付。
单位规章制度与考核要求：
- 单位可能会制定规章制度，规定年终奖的发放条件，如必须参加年度考核等。
- 但这些规章制度必须合法且合理，不能剥夺劳动者获取相应劳动报酬的权利。
- 如果规章制度中关于年终奖发放的规定违背了公平合理原则，那么这些规定可能不会被仲裁机构或法院采纳。
未参加考核的原因与责任：
- 未参加年度考核可能有多种原因，如因病、因事请假、调岗等。
- 如果未参加考核并非员工过错，且员工在当年度的其他时间里为单位付出了劳动，那么单位仅以未参加考核为由拒发年终奖可能不合理。
实际案例与仲裁裁决：
- 有实际案例表明，即使员工未参加年度考核，但如果在离职前已为单位付出了劳动，且单位无证据证明员工不符合享受年终奖的业绩条件，那么单位拒付年终奖可能不符合法理和年终奖设立的初衷。
- 仲裁机构可能会根据员工当年的实际工作月份和业绩情况，裁决单位按比例支付年终奖。
综上所述，机关单位未参加年度考核人员能否发放年终一次奖金，需要综合考虑法律规定、单位规章制度、未参加考核的原因与责任以及实际案例与仲裁裁决等因素。如果单位有相关规定且规定合法合理，那么应按照规定执行；如果规定不合理或存在争议，那么员工可以依法向仲裁机构或法院申请裁决。在具体操作中，建议员工与单位进行沟通协商，并咨询专业律师的意见。