对于事业单位职工扰乱工作秩序的处理，需结合具体情节、单位规章制度及法律法规综合判断，以下是具体分析：
单位内部处理
- 依据规章制度：事业单位通常制定有内部管理规范（如《职工行为准则》《考勤管理制度》等），若职工行为违反规定（如长时间离岗、争吵影响他人、故意破坏办公设备等），单位可依据制度给予警告、记过、降级、撤职等处分，情节严重的可解除劳动合同。
- 程序要求：处理需遵循法定程序，如调查取证、听取职工陈述申辩、经职工代表大会或工会讨论等，确保程序合法。
行政处罚（如构成治安违法）
- 适用情形：若职工行为扰乱单位秩序，同时违反《治安管理处罚法》（如公然侮辱他人、故意损毁财物、聚众闹事等），公安机关可对其处以警告、罚款或行政拘留。
- 单位配合义务：单位需及时向公安机关报案，并提供相关证据（如监控录像、证人证言等）。
刑事责任（如构成犯罪）
- 严重情节：若职工行为涉嫌犯罪（如聚众扰乱社会秩序罪、寻衅滋事罪、故意毁坏财物罪等），司法机关将依法追究刑事责任，单位需配合调查并提供材料。
民事赔偿（如造成损失）
- 责任承担：若职工行为导致单位或他人财产损失（如损坏设备、延误工作造成经济损失），单位或受害方可要求其赔偿，可通过协商、调解或诉讼解决。
建议：
- 单位应完善内部规章制度，明确“扰乱工作秩序”的具体情形及处分标准，并定期组织职工学习；
- 处理时需保留证据（如书面记录、视频、证人证言等），确保程序合法；
- 若行为涉嫌违法犯罪，及时报警并配合调查，避免以私力救济方式处理。
如有具体情节或需要进一步分析，可向我详细说明，我会结合案例和法律条文为您详细解答。