结论前置：员工扰乱工作秩序，公安是否应该处理，需根据具体情况判断。若员工行为构成违反治安管理行为或犯罪，公安应依法处理；若仅为一般违纪行为，则由单位内部处理。
详细分析：
构成违反治安管理行为的情况：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失的，处警告或者二百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
- 若员工的行为符合上述规定，即扰乱了单位的工作秩序，且情节严重到影响正常工作进行，那么公安部门有权依据治安管理处罚法对其进行处理。
构成犯罪的情况：
- 如果员工的行为不仅扰乱了工作秩序，还造成了严重的后果，如破坏了重要的设备、泄露了商业秘密等，且这些行为触犯了刑法的相关规定，如破坏生产经营罪、侵犯商业秘密罪等，那么公安部门应依法立案侦查，追究员工的刑事责任。
一般违纪行为的情况：
- 如果员工的行为虽然扰乱了工作秩序，但情节轻微，未构成违反治安管理行为或犯罪，那么这通常属于单位内部的纪律问题。
- 在这种情况下，单位应依据自身的规章制度对员工进行相应的处理，如警告、罚款、降职、解雇等，而无需公安部门介入。
建议与行动：
- 对于单位：应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和违纪处理措施。一旦发现员工有扰乱工作秩序的行为，应首先根据规章制度进行处理，并保留相关证据。如果行为严重到构成违反治安管理行为或犯罪，应及时向公安部门报案。
- 对于员工：应自觉遵守单位的规章制度和法律法规，尊重他人的工作权益，不扰乱工作秩序。如果因个人原因确实需要请假或调整工作安排，应提前与单位沟通并获得同意。
后续思考：
- 单位在处理员工扰乱工作秩序的问题时，应注重证据的收集和保存，以便在需要时向公安部门提供有力的证明。
- 员工也应增强法律意识，了解自己的行为可能带来的法律后果，避免因一时冲动而触犯法律。
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