扰乱部队工作秩序的处理方式需根据行为性质、情节严重程度及造成的后果，结合《中华人民共和国刑法》《中华人民共和国治安管理处罚法》及军事法规综合判定，具体处理方式如下：

1. 行政处罚（治安管理范畴）
   若行为尚未构成犯罪，但违反《治安管理处罚法》第二十三条，以“扰乱单位秩序”论处：

   • 处罚依据：该条款明确禁止“扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失”的行为。
     
   • 处罚措施：处警告或200元以下罚款；情节较重的（如多次扰乱、持续时间长、造成一定经济损失），处5-10日拘留，可并处500元以下罚款。
     
   • 适用场景：例如在部队营区外聚集喧哗、堵塞通道，或通过电话、网络恶意骚扰部队人员，干扰正常办公秩序。

2. 刑事处罚（刑法范畴）
   若行为情节严重，构成犯罪，需依据《刑法》第三百六十八条“阻碍军人执行职务罪”或第三百七十二条“冒充军人招摇撞骗罪”等条款追究刑事责任：

   • 阻碍军人执行职务罪：
     
     • 构成要件：以暴力、威胁方法阻碍军人依法执行职务。
       
     • 处罚：处3年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金。
       
     • 典型案例：强行阻拦部队车辆执行任务、殴打执行勤务的军人。
       
   • 冒充军人招摇撞骗罪：
     
     • 构成要件：冒充军人身份进行诈骗，损害军队声誉。
       
     • 处罚：处3年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利；情节严重的（如骗取财物数额巨大、造成恶劣社会影响），处3-10年有期徒刑。
       
   • 其他关联罪名：若行为伴随故意毁坏财物、非法侵入住宅等，可能同时触犯《刑法》第二百七十五条、第二百四十五条等条款，需数罪并罚。

3. 军事法规的特殊规定
   若行为发生在军事管理区或涉及军事秘密，可能适用《军事设施保护法》《保守国家秘密法》等：

   • 军事管理区秩序维护：非法进入军事禁区、军事管理区，或破坏军事设施的，可依据《军事设施保护法》第四十二条，处警告或2000元以下罚款；情节严重的，处5-10日拘留。
     
   • 泄露军事秘密：若扰乱行为伴随泄露国家秘密，可能构成《刑法》第三百九十八条“故意泄露国家秘密罪”或“过失泄露国家秘密罪”，最高可处7年有期徒刑。

实务建议：

• 若行为人系普通公民，需重点区分“一般扰乱”与“暴力阻碍”的界限，前者适用治安处罚，后者可能升级为刑事犯罪。
  
• 若行为人系现役军人或文职人员，除上述处罚外，还可能面临军队内部纪律处分（如警告、记过、开除军籍等）。
  
• 受害单位（部队）应及时固定证据（如监控录像、证人证言、损失清单），并向公安机关或军事保卫部门报案，确保程序合法性。
  

提示：具体案件需结合行为动机、手段、后果等细节综合判定，如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。