扰乱军事管区秩序的处理方式需根据具体情节和后果，结合行政处罚与刑事处罚综合判定，具体如下：

1. 行政处罚（一般情节）
   根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十三条，扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失的，处警告或者二百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。

   • 适用情形：如强行闯入军事管区、在军事管区内大声喧哗、阻挠军事人员执行任务等，但未对军事安全或核心秩序造成实质性破坏。
     
   • 关键点：需证明行为与“秩序扰乱”的直接因果关系，且未达到刑事犯罪标准。
     

2. 刑事处罚（严重情节）
   若行为构成《中华人民共和国刑法》第三百六十八条【阻碍军事行动罪】或第三百六十九条【破坏武器装备、军事设施、军事通信罪】等，可能面临刑事责任：

   • 阻碍军事行动罪：以暴力、威胁方法阻碍军人依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
     
   • 破坏军事设施罪：故意破坏武器装备、军事设施、军事通信的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
     
   • 适用情形：如破坏军事管区内的关键设施、泄露军事机密、组织群体性冲击军事管区等，导致军事行动受阻或重大损失。
     

3. 特殊主体责任

   • 单位责任：若扰乱行为由单位组织或实施，除对直接责任人员处罚外，对单位可能处以罚款、责令停业整顿等行政措施。
     
   • 军人或军事单位人员：若行为人为现役军人或军事单位工作人员，除承担上述责任外，还可能面临军纪处分（如警告、记过、开除军籍等）。
     

实务建议：

• 若涉及行政处罚，可申请行政复议或提起行政诉讼；若涉及刑事犯罪，需尽快委托律师介入，争取从轻情节（如自首、立功、认罪认罚）。
  
• 军事管区秩序受《军事设施保护法》《国防法》等特别法保护，行为定性需结合具体场景（如战时与非战时、管区等级等）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据链和司法实践提供针对性分析。