结论：两个月工资一起发超过5000元本身并不直接产生特定的法律影响，但可能涉及个人所得税的计算和缴纳问题，同时若公司长期拖欠工资后集中发放，还可能涉及违反劳动法相关规定的风险。以下从不同角度详细分析：
一、个人所得税角度
个人所得税计算：
- 根据我国个人所得税法，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围。当两个月工资一起发放时，应合并计算个人所得税。
- 计算公式为：应纳税额 = （工资总额 - 免征额 - 专项扣除 - 专项附加扣除）× 适用税率 - 速算扣除数。其中，免征额目前为每月5000元（但此处是两个月工资合并计算，所以实际计算时需考虑两个月的免征额是否已分别扣除，若公司未分别扣除，则合并计算时可能需调整）。不过，更准确的理解是，应将两个月工资总额视为一个月的收入来计算应纳税所得额，再查找对应的税率和速算扣除数。
- 示例：假设某员工月工资为6000元，两个月工资一起发为12000元。若不考虑专项扣除和专项附加扣除，且假设两个月免征额未分别扣除（实际操作中公司应按月预扣预缴，此处仅为说明合并计算原理），则应纳税所得额 = 12000 - 5000（假设仅扣除一个月免征额，实际应按月扣除）= 7000元，对应税率为10%，速算扣除数为210元，应纳税额 = 7000 × 10% - 210 = 490元（此示例为简化计算，实际应按月预扣预缴，年底汇算清缴）。但更合理的操作是，公司应按月预扣预缴个人所得税，两个月工资一起发时，应确保已按月扣除免征额和可能的专项扣除等。
税务合规性：
- 公司应依法为员工预扣预缴个人所得税，并在年底进行汇算清缴。若公司未依法履行税务义务，可能面临税务处罚。
- 对于员工而言，应关注自己的个人所得税缴纳情况，确保公司已依法代扣代缴。
二、劳动法角度
工资支付周期：
- 根据我国劳动法，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 若公司长期拖欠工资后集中发放，可能违反劳动法关于工资支付周期的规定，员工有权要求公司按时支付工资。
法律后果：
- 若公司违反劳动法规定拖欠工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
- 在极端情况下，若公司恶意拖欠工资且情节严重，还可能构成拒不支付劳动报酬罪，面临刑事处罚。
三、实际操作建议
对于员工：
- 关注自己的工资支付情况，确保公司按时支付工资。
- 若发现公司拖欠工资或未依法代扣代缴个人所得税，及时与公司沟通或向相关部门投诉。
- 保留好工资条、银行流水等证据，以备不时之需。
对于公司：
- 依法按时支付员工工资，并代扣代缴个人所得税。
- 若因特殊原因需延迟支付工资，应提前与员工沟通并说明情况，避免引发劳动纠纷。
- 加强内部财务管理和税务合规性建设，确保公司运营合法合规。
总结：两个月工资一起发超过5000元本身并不直接产生特定的法律影响，但可能涉及个人所得税的计算和缴纳问题以及劳动法关于工资支付周期的规定。员工和公司都应关注工资支付和税务合规性问题，确保各自权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。