公司辞退重大疾病员工时，赔偿金的计算需根据具体情况来确定，主要分为以下几种情况：

1. 医疗期内辞退：

   • 法律规定：根据《劳动合同法》第四十二条，员工在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。若用人单位违法解除，需支付赔偿金。
   • 赔偿金计算：赔偿金通常为经济补偿金的两倍。经济补偿金按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。因此，若员工在医疗期内被违法辞退，赔偿金至少为2个月工资（假设工作年限为1年），具体根据实际工作年限调整。
   • 示例：若员工在公司工作了3年，月工资为5000元，在医疗期内被违法辞退，则赔偿金为3年×1个月工资/年×2（违法解除倍数）=6个月工资，即30000元。

2. 医疗期满后辞退：

   • 法律规定：医疗期满后，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。此时，用人单位需支付经济补偿金，而非赔偿金。
   • 经济补偿金计算：同样按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
   • 示例：若员工在公司工作了5年，月工资为6000元，医疗期满后不能从事原工作，也不能从事另行安排的工作，被公司辞退，则经济补偿金为5年×1个月工资/年=5个月工资，即30000元。若公司选择额外支付一个月工资后解除劳动合同，则还需额外支付6000元。

3. 特殊情况下的赔偿：

   • 若员工因工致残或患职业病：根据《工伤保险条例》，员工因工致残被鉴定为一级至四级伤残的，保留劳动关系，退出工作岗位，享受工伤待遇，用人单位不得解除劳动合同。若被鉴定为五级、六级伤残的，经员工本人提出，可以与用人单位解除或者终止劳动关系，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。若被鉴定为七级至十级伤残的，劳动、聘用合同期满终止，或者员工本人提出解除劳动、聘用合同的，同样由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。
   • 若员工患重大疾病非因工所致：则主要依据上述医疗期内或医疗期满后的规定处理，除非地方有特殊规定或公司有额外福利政策。

法律建议：

• 保留证据：员工应保留好与公司的劳动合同、工资单、医疗证明等相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
• 协商解决：在发生纠纷时，员工可以尝试与公司协商解决，寻求合理的赔偿方案。
• 法律途径：若协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若公司违法辞退员工，可能面临支付赔偿金、经济补偿金以及可能的行政处罚等后果。
• 若员工因重大疾病无法继续工作，且符合相关法律规定，公司应依法支付经济补偿金或赔偿金，否则可能面临法律纠纷和声誉损失。

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