规章制度中规定员工迟到3次即构成严重违纪，且员工已签字确认，这并不意味着该条款在法律上一定有效。其有效性需结合多个因素综合判断，以下从不同角度进行分析：

1. 规章制度本身的合法性：

   • 规章制度必须符合国家法律法规的规定，不能违反法律的强制性规定。例如，如果规章制度中规定的处罚措施过于严厉，如直接开除且不支付任何经济补偿，这可能违反了《劳动合同法》中关于解除劳动合同和支付经济补偿的规定，从而被认定为无效。
   • 规章制度应明确、具体，且具有可操作性。如果“严重违纪”的定义模糊不清，或者迟到3次与严重违纪之间的关联性不强，那么该条款可能因缺乏明确性和合理性而被质疑。

2. 规章制度的制定程序：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果规章制度未经上述程序制定，或者未向劳动者公示、告知，那么该规章制度可能对劳动者不产生约束力。

3. 员工签字确认的效力：

   • 员工签字确认规章制度，通常表明员工已经知晓并同意规章制度的内容。然而，这并不意味着规章制度中的所有条款都必然有效。如果规章制度本身存在违法或不合理之处，员工的签字确认并不能使其变得合法或合理。
   • 另外，如果员工在签字时受到胁迫、欺诈等不正当手段的影响，那么其签字确认的效力也可能受到质疑。

4. 实际执行中的合理性：

   • 即使规章制度本身合法且制定程序合规，但在实际执行中，如果用人单位对迟到3次的员工一律按照严重违纪处理，而不考虑其他因素（如迟到的原因、是否对工作造成严重影响等），那么这种处理方式可能因缺乏合理性而被仲裁机构或法院调整。

建议：

• 对于用人单位而言，应确保规章制度的合法性、合理性和制定程序的合规性。在制定规章制度时，应充分考虑员工的实际情况和利益，避免过于严厉或模糊的条款。
• 对于员工而言，如果认为规章制度中的某些条款不合法或不合理，可以向用人单位提出异议或寻求法律援助。同时，在签字确认规章制度时，应仔细阅读并理解其内容，确保自己的权益不受侵害。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。