关于您提出的“公司改举证考勤办法是否违法”的问题，这主要取决于公司修改考勤办法的程序是否合法以及是否充分告知了员工。以下是我为您详细分析的内容：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经过民主协商程序，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这是确保规章制度合法性和合理性的重要步骤。

其次，公司修改考勤办法后，必须将修改后的内容通过合法方式向员工公示或告知。这可以通过张贴公告、员工签收、培训告知等多种方式进行。如果公司未能举证证明已将修改后的考勤办法公示或告知员工，那么该考勤办法对员工将不具有法律约束力。

现在，我们结合您提到的情境来具体分析：

1. 如果公司修改考勤办法经过了民主协商程序，并且已经通过合法方式向员工公示或告知：

   • 在这种情况下，公司修改考勤办法是合法的，员工应当遵守新的考勤办法。
   • 如果员工违反新的考勤办法，公司有权根据规章制度进行相应的处理，包括扣发工资、警告、辞退等。

2. 如果公司修改考勤办法未经过民主协商程序，或者未将修改后的内容向员工公示或告知：

   • 在这种情况下，公司修改考勤办法可能是违法的，对员工不具有法律约束力。
   • 如果公司依据未公示或告知的考勤办法扣发员工工资或进行其他处理，员工有权要求公司返还被扣发的工资或撤销不当处理决定。
   • 员工还可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

针对您提到的具体案例，如果公司仅以“高层决定”为由施行新的考勤制度，而未举证证明该制度经过民主协商程序，亦未提供证据证明已通过合法方式向员工公示或告知，那么该新考勤制度对员工将不具有法律约束力。公司不能直接依据该制度扣发员工工资或进行其他处理，否则将构成违法。

综上所述，公司修改考勤办法是否违法，主要取决于修改程序是否合法以及是否充分告知了员工。如果公司未能遵循相关法律法规和程序要求，那么其修改考勤办法的行为可能是违法的。在这种情况下，员工有权维护自己的合法权益，包括要求公司返还被扣发的工资、撤销不当处理决定等。