关于“协议书中三缺一能否申请仲裁及协议是否有效”的问题，结论如下：

1. 能否申请仲裁：

   • 若协议书涉及劳动争议且符合仲裁条件：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议当事人可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这里的“三缺一”若指的是协议中的一方未签字或未履行某些手续，但协议内容本身涉及劳动争议（如工资、工伤、解除劳动合同等），且该争议属于劳动争议仲裁委员会的受理范围，那么即使协议存在形式上的瑕疵，你仍然可以就争议事项申请仲裁。仲裁委员会会根据实际情况，包括协议的实际履行情况、双方的真实意思表示等，来裁决争议。
   • 若协议书不涉及劳动争议或不符合仲裁条件：如果协议书的内容与劳动争议无关，或者虽然涉及劳动争议但不符合仲裁的受理条件（如超过仲裁时效、不属于仲裁委员会管辖范围等），那么你就不能就该协议书申请仲裁。

2. 协议是否有效：

   • 形式要件与实质要件：协议的有效性通常取决于其是否满足法律规定的形式要件和实质要件。形式要件可能包括签字、盖章等，而实质要件则涉及协议内容是否合法、双方意思表示是否真实等。
   • “三缺一”对协议效力的影响：如果“三缺一”指的是协议中缺少某一方的签字或盖章，这可能会影响协议的形式要件。然而，如果其他签字方能够证明该协议是双方真实意思的表示，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议仍然有可能是有效的。特别是当协议已经实际履行，且双方对协议内容无异议时，法院或仲裁机构可能会认定协议有效。
   • 特殊情况：如果“三缺一”导致协议存在重大误解、显失公平或欺诈、胁迫等情形，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。

法律建议：

• 审查协议内容：首先，仔细审查协议书的内容，确定其是否涉及劳动争议以及争议的具体事项。
• 评估仲裁可能性：根据协议内容和劳动争议调解仲裁法的相关规定，评估申请仲裁的可能性和胜诉率。
• 考虑协议效力：如果协议存在形式上的瑕疵，考虑是否能够通过其他证据（如实际履行情况、双方沟通记录等）来证明协议的有效性。
• 寻求专业帮助：如果你对协议的有效性或申请仲裁的流程有疑问，建议咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和指导。

可能后果：

• 如果申请仲裁且仲裁委员会认定协议有效且争议属于其受理范围，那么仲裁委员会将依法裁决争议事项。
• 如果协议被认定无效或申请仲裁被驳回，你可能需要通过其他途径（如诉讼）来解决争议。

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