结论：合同签的是辅助工但干的是机长的活，这一行为是否违法需分情况讨论，主要取决于劳动合同的具体约定、公司规章制度以及实际工作情况。

1. 若劳动合同明确约定了工作内容为辅助工，且公司规章制度也对此有明确规定：

   • 在这种情况下，如果员工实际从事的是机长的工作，这通常构成了对劳动合同的违反。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。双方应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。因此，员工从事非合同约定的工作，可能面临用人单位的纪律处分，甚至可能因违反劳动合同而被解除劳动关系。
   • 同时，如果机长的工作需要特定的资质或技能，而员工并不具备这些资质或技能，那么员工从事机长工作还可能涉及安全问题，甚至可能构成违法行为，如无证驾驶等（具体需根据机长工作的性质和相关法律法规来判断）。

2. 若劳动合同未明确约定具体工作内容，或公司规章制度对此无明确规定：

   • 在这种情况下，员工实际从事的工作内容可能存在一定的灵活性。如果员工被安排从事机长的工作，且这一安排并未违反法律法规或公司规章制度，同时员工也具备从事机长工作的资质和技能，那么这一行为可能并不构成违法。
   • 然而，即使劳动合同未明确约定工作内容，员工也有权拒绝从事与其能力或资质不符的工作。如果员工认为从事机长工作超出了其合同约定或能力范围，可以与用人单位进行协商，要求调整工作内容或提供必要的培训和支持。

3. 关于劳动权益的保护：

   • 无论员工实际从事的是何种工作，用人单位都应当遵守相关法律法规，保障员工的劳动权益。这包括提供安全的工作环境、支付合理的劳动报酬、提供必要的劳动保护等。
   • 如果员工认为用人单位的行为侵犯了其劳动权益，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：

• 对于员工而言，如果发现自己实际从事的工作与劳动合同约定不符，应及时与用人单位进行沟通，明确工作内容和职责，并保留好相关证据（如劳动合同、工作记录等）。
• 对于用人单位而言，应当明确劳动合同中的工作内容和职责，避免模糊或歧义的表述。同时，在安排员工工作时，应充分考虑员工的资质和技能，确保工作的安全性和合法性。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。