当虚开发票案件移交到检察院后，检察院会进行一系列严谨而细致的审查起诉工作。以下是具体的处理流程：

一、证据核实

检察院首先会对侦查机关所收集的证据进行全面、细致的审查。这一步骤至关重要，因为它直接关系到案件能否成立以及犯罪嫌疑人的罪责大小。检察院会核实证据的真实性、可靠性和充分性，以确保这些证据能够有力地支持对犯罪嫌疑人的指控，即构成虚开发票罪。

二、讯问嫌疑人

在证据核实的基础上，检察院会对犯罪嫌疑人进行正式的讯问。这是为了更全面地了解案件的实际情况，同时也是为了保障犯罪嫌疑人的合法权益，给予其陈述和辩解的机会。通过讯问，检察院可以进一步核实犯罪嫌疑人的供述，与已有证据进行比对，从而更准确地把握案件的全貌。

三、决定是否起诉

经过上述两个步骤的审查，检察院会根据案件的实际情况和法律规定，作出是否起诉的决定。如果检察院认为犯罪事实清晰，证据确凿、充分，犯罪嫌疑人依法应当被追究刑事责任，那么它就会向法院提起公诉。相反，如果检察院认为证据不足或者犯罪嫌疑人不构成犯罪等，它可能会作出不起诉的决定。

总的来说，虚开发票案件移交到检察院后，会经过证据核实、讯问嫌疑人和决定是否起诉三个主要环节。这些环节都是为了确保案件的公正、公平和合法处理，既保障受害人的权益，也保障犯罪嫌疑人的合法权益。在处理这类案件时，检察院会秉持客观、公正、依法的原则，确保每一个决定都经得起法律和历史的检验。