当法院发现虚开发票案件时，处理流程通常遵循以下步骤，并依据相关法律法规进行：

一、初步审查与立案

1. 案件受理：法院在接到虚开发票案件的举报、移送或自行发现后，会进行初步审查，以确定案件是否符合立案条件。
2. 立案决定：如果初步审查认为存在虚开发票行为，且属于法院管辖范围，法院将作出立案决定，并启动正式的司法程序。

二、调查与取证

1. 调查核实：法院将组织专业人员进行深入调查，核实虚开发票的具体事实，包括发票的开具、流转、使用等环节。
2. 收集证据：通过查阅相关账目、凭证、交易记录等资料，以及询问当事人、证人等方式，收集确凿的证据材料。

三、审理与判决

1. 开庭审理：在案件事实清楚、证据确凿的基础上，法院将组织开庭审理，听取控辩双方的意见和陈述。
2. 法律适用：根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关法律法规，对虚开发票行为进行定性，并确定相应的法律责任。
3. 作出判决：法院将依据审理结果，对虚开发票的行为人作出有罪或无罪的判决，并依法给予相应的刑事处罚或行政处罚。

四、执行与监督

1. 执行判决：如果判决有罪，法院将依法执行刑罚，如罚款、有期徒刑等。同时，对于涉及的税款、罚款等，也将依法进行追缴。
2. 监督执行：在执行过程中，法院将监督判决的执行情况，确保刑罚和行政处罚得到切实履行。

五、典型案例的警示与教育

虚开发票案件不仅涉及法律责任，还对社会经济秩序造成严重影响。因此，法院在处理此类案件时，也会注重典型案例的警示与教育作用。通过公开宣判、媒体报道等方式，向公众普及法律知识，提高公众对虚开发票行为的警惕性和法律意识。

综上所述，法院发现虚开发票案件后，将依法进行审查、调查、审理、判决和执行，以维护社会经济秩序和税收征管秩序。同时，也提醒广大公众和纳税人要遵守法律法规，诚实守信地履行纳税义务，共同营造良好的税收环境。