在“做一休一”的工作制下，关于超时工作的计算，这确实是一个涉及劳动法规定和具体工作制度的问题。下面我将为您详细解析：

首先，我们需要明确的是，我国实行的是标准工时制度，即劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时。这是判断工作时间是否超时的基础标准。

接下来，我们针对“做一休一”的工作模式进行具体分析：

1. 标准工时制下的情况：

   • 如果在“做一休一”的制度下，员工每天工作12小时，那么一周的工作天数虽然只有3.5天（因为做一天休一天），但周总工作时间却达到了42小时（12小时/天 × 3.5天），这明显超出了法定的40小时工作上限。
   • 在这种情况下，超出的小时数应被认定为加班，用人单位需要按照《劳动法》的规定，支付不低于工资百分之一百五十的加班费。

2. 综合计算工时制下的情况：

   • 如果用人单位实行的是综合计算工时制，并且已经获得了劳动行政部门的审批，那么就需要根据计算周期内的总工作时间来判断是否超时。
   • 例如，以月为周期进行计算，如果员工在一个月内“做一休一”且每天工作12小时，但总工作时长未超过法定的月工作时间上限（约166.64小时），则不构成超时。
   • 如果总工作时长超过了法定上限，那么超出部分应被认定为加班，并需要支付相应的加班费。在法定休假日工作的，还需要支付不低于工资百分之三百的工资报酬。

3. 不定时工作制下的情况：

   • 如果用人单位实行的是不定时工作制，并且已经获得了劳动行政部门的审批，那么通常不存在工作时间超时的问题。
   • 但用人单位仍然需要确保员工的休息休假权利，以及生产、工作任务的完成。这可能需要采用弹性工作时间等适当方式来实现。

4. 劳动合同约定与实际情况：

   • 劳动合同中的具体约定对判断工作时间是否超时具有关键作用。如果劳动合同中明确规定了工作时间和休息休假方式，并且这些约定不违反法律法规，那么双方应遵守。
   • 即使工时制度经过审批，实际执行时也需要确保不超过法定工作时间上限。否则，仍然可能构成超时工作。

结论与建议：

• 在“做一休一”的工作制下，一天工作12小时是否算超时，需要综合考虑工时制度、劳动合同约定以及实际执行情况。
• 如果存在超时工作的情况，劳动者有权要求用人单位改正并支付加班费。如果用人单位拒绝支付或改正，劳动者可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 因此，建议用人单位在制定工作制度时，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。同时，劳动者也应了解自己的工作时间权益，并在发现超时工作或未按规定支付加班工资等情况时及时维权。