在“上一休一”工作制下，一天工作12小时是否算超时，需根据具体工时制度及劳动合同约定综合判断，但通常情况下，这种工作安排是违反《中华人民共和国劳动法》中关于工作时间限制的规定的，存在超时工作的情况。以下从不同工时制度角度进行详细分析：
一、标准工时制
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
- 用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，但每月不得超过36小时。
具体分析：
- 在“上一休一”工作模式下，若每天工作12小时，则一周工作天数为3.5天（假设一个月按4周计算，则工作天数为14天，但为简化计算，此处以3.5天为例进行说明，实际计算时应按具体月份天数和休息日安排调整），周总工作时间为42小时（若按一个月实际工作天数15天计算，则月总工作时间为180小时），远超标准工时制下的周工作时间上限44小时（或月工作时间上限176小时，即44小时×4周）。
- 因此，在标准工时制下，“上一休一”工作12小时构成超时工作。
二、综合计算工时制
法律规定：
- 综合计算工时制适用于因工作性质特殊需连续作业的情况，以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准基本相同。
具体分析：
- 若用人单位实行综合计算工时制并已获劳动行政部门审批，则需根据计算周期内的总工作时间来判断是否超时。
- 例如，以月为周期，若劳动者在一个月内“上一休一”且每天工作12小时后的总工作时长未超过法定月工作时间（约166.64小时，即44小时×3.79周，考虑到一个月通常有4周多几天），则不构成超时；但若超过，则超出部分应按规定支付加班费，其中法定休假日工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 然而，在“上一休一”且每天工作12小时的情况下，月总工作时间很可能超过法定月工作时间上限，因此构成超时工作的可能性较大。
三、不定时工作制
法律规定：
- 不定时工作制适用于无法按标准工作时间衡量的工作，经批准的职工不受日延长工作时间和月延长工作时间标准的限制。
具体分析：
- 若用人单位实行不定时工作制且已获劳动行政部门审批，则通常不存在工作时间超时的问题。
- 但用人单位应确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成，采用弹性工作时间等适当方式。
- 即便如此，“上一休一”且每天工作12小时也不应成为常态，且在法定节假日工作仍需支付加班工资。
四、劳动合同约定与实际情况
- 重要性：劳动合同中的具体约定对判断工作时间是否超时具有关键作用。若劳动合同中明确规定了工作时间和休息休假方式，且这些约定不违反法律法规，则双方应遵守。
- 实际执行：即使工时制度经过审批，实际执行时也需确保不超过法定工作时间上限，否则仍可能构成超时工作。
法律后果与建议
- 法律后果：若用人单位违反劳动法规定，安排劳动者超时工作，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉，要求雇主支付加班费、经济补偿等，并可能面临行政处罚。
- 建议：
- 劳动者应了解自己的工时权益，如遇超时工作情况，应及时与雇主沟通并要求调整。
- 若沟通无果，可通过劳动仲裁委员会或法院等途径维护自己的合法权益。
- 用人单位也应遵守劳动法规定，合理安排工作时间，保障劳动者的休息权益。
综上所述，“上一休一”工作模式下一天工作12小时，在标准工时制和综合计算工时制下通常构成超时工作，在不定时工作制下虽可能不构成超时，但也应确保劳动者的休息休假权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。