合作协议中员工的工资支付方，主要取决于合作协议的具体约定以及员工与哪方建立劳动关系。以下从不同角度进行分析：
若员工与某一方单独建立劳动关系：
- 在这种情况下，员工的工资通常由与其建立劳动关系的那一方支付。例如，如果员工是与合作协议中的甲方签订劳动合同，那么工资一般由甲方支付。这是因为劳动关系是确定工资支付责任的基础，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
若合作协议中有特别约定：
- 合作协议双方可以在协议中明确约定工资的支付方式和支付方。例如，双方可以约定由一方负责招聘员工，但工资由另一方支付；或者约定工资由双方按照一定比例共同支付。这种约定只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的，双方应当按照约定履行。
若员工与多方建立劳动关系（虽不常见，但理论上存在）：
- 在极少数情况下，员工可能同时与合作协议中的多方建立劳动关系。这种情况下，工资的支付可能变得复杂，需要依据具体协议内容和相关法律法规进行判断。但通常，为了避免法律风险和纠纷，合作协议中会明确避免这种多重劳动关系的建立。
法律建议：
- 对于合作协议中的双方来说，为了避免工资支付方面的纠纷，应当在合作协议中明确约定工资的支付方式、支付方以及支付时间等关键条款。
- 对于员工来说，在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解自己的工资支付方和支付方式，确保自己的合法权益得到保障。
可能后果：
- 如果合作协议中没有明确约定工资的支付方，或者约定不明确，可能会导致双方在工资支付方面产生纠纷。这种纠纷可能涉及劳动仲裁或诉讼，增加双方的法律成本和时间成本。
因此，在签订合作协议时，双方应当充分考虑工资支付的问题，并在协议中作出明确约定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。