结论前置：与劳务派遣公司签订的合同，工资一般由劳务派遣单位支付。不过，也存在用工单位代发工资的特殊情况，但这并不改变劳务派遣单位作为工资支付主体的法律责任。以下为你详细分析：
一般规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，其中核心义务之一便是向被派遣劳动者支付劳动报酬。在劳务派遣关系中，劳务派遣单位与劳动者订立劳动合同，约定劳动报酬等相关事项，是工资发放的主体。该条款还明确指出，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。这进一步强调了劳务派遣单位作为工资支付主体的法定责任。
举例说明：小李与A劳务派遣公司签订了劳动合同，被派遣到B公司工作。按照法律规定，A劳务派遣公司作为用人单位，应当按照合同约定，每月按时向小李支付工资。即使小李在某个月没有实际在B公司工作（比如因B公司业务调整暂时无任务安排），A劳务派遣公司也要按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向小李按月支付报酬。
特殊情况下的工资发放
在实际操作中，可能会遇到由用工单位代发工资的情况，通常基于以下两种情形：
- 双方约定代发：劳务派遣单位和用工单位可以在劳务派遣协议中明确约定，由用工单位直接代劳务派遣单位向被派遣劳动者发放工资。然而，这种约定仅改变了工资发放的操作层面，劳务派遣单位仍然对工资支付承担法定责任。如果发生工资支付问题，劳务派遣单位不能以约定了用工单位代发为由逃避其法律责任。
举例说明：A劳务派遣公司与B用工单位签订劳务派遣协议，约定由B用工单位代发被派遣劳动者的工资。但后来出现了工资拖欠的情况，此时劳动者仍然可以向A劳务派遣公司主张权利，要求其支付工资及相应赔偿，A劳务派遣公司不能以有约定由B代发为由拒绝承担责任。
- 为了方便管理和操作：为了提高工资发放的效率和便利性，减少中间环节，经劳务派遣单位同意，用工单位可以代发工资。但在此情况下，劳务派遣单位依然对工资支付的合法性、准确性等负有监督和最终责任。
举例说明：A劳务派遣公司考虑到与B用工单位合作紧密，且B用工单位有成熟的工资发放系统和流程，经与劳动者协商并取得同意后，让B用工单位代发工资。但在代发过程中，如果出现了工资计算错误等问题，A劳务派遣公司仍需承担责任，及时纠正错误并保障劳动者的合法权益。
工资发放的责任与权益保障
- 劳务派遣单位的责任：劳务派遣单位作为工资支付的主体，必须确保按时足额发放工资，并依法为劳动者缴纳社会保险等费用。若未履行这些义务，劳动者有权依法向其主张权利，要求其支付工资及相应赔偿。
- 用工单位的角色：用工单位虽然可能参与工资的实际发放过程（如代发），但并不承担工资支付的法律责任。其主要职责是按照劳务派遣协议的约定，将包括劳动者工资、社会保险费等费用支付给劳务派遣单位。
- 劳动者的权益保障：劳动者在劳务派遣关系中享有与正式员工同等的劳动权益，包括但不限于工资、福利、社会保险等。如果劳务派遣单位或用工单位侵犯了其合法权益，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益。比如，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁等。
非主流观点及实际风险
虽然也有观点认为劳务派遣人员的工资应由用工单位直接支付给派遣员工，以避免不法派遣单位卷款而逃，但这种观点并非主流，且在实际操作中可能引发一系列法律和管理问题。例如，它可能破坏劳务派遣关系的本质，导致法律关系混乱；同时，也可能增加用工单位的管理成本和法律风险。
如果你在劳务派遣工资支付方面还有其他疑问，或者遇到了相关纠纷，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。