针对您的情况，若返岗工作三年后又被查到原问题，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若原问题未构成犯罪，仅涉及违纪或违规
   根据《劳动合同法》及单位规章制度，单位可依据内部规定对员工进行处分。但需注意：

   • 时效性：若单位规章制度未明确规定违纪行为的追责时效（如“发现后X年内处理”），则单位仍有权处理；若明确规定了时效（如“超过1年不再追责”），则单位可能丧失追责权。
     
   • “一事不再罚”原则：若单位已对原问题作出停职等处分，且员工已返岗工作三年，期间未再发生同类问题，单位再次以同一事由处罚可能涉嫌重复处罚，员工可主张程序违法。
     
   • 建议：要求单位出示书面处理依据（如规章制度条款），核对时效及处罚程序是否合法；若单位无法提供合理依据，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     

2. 若原问题涉嫌犯罪（如贪污、职务侵占等）
   根据《刑法》第八十七条，犯罪的追诉时效根据刑期不同分为5年、10年、15年、20年（最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为20年）。若原问题已达到刑事立案标准：

   • 追诉时效未过：司法机关仍可依法追究刑事责任，单位可配合调查并依据生效裁判结果处理（如解除劳动合同）。
     
   • 追诉时效已过：司法机关不再追诉，但单位仍可能依据内部规定处分（如警告、降职等），但需确保处分程序合法。
     
   • 建议：立即咨询律师，评估原问题是否构成犯罪及追诉时效是否已过；若面临刑事调查，如实说明情况并配合调查，同时主张单位返岗期间未再违规的情节，争取从轻处理。
     

3. 若单位处理程序违法（如未调查、未听证、未告知权利等）
   无论原问题性质如何，单位处理员工均需遵循法定程序（如《劳动合同法》第四条规定的民主程序、告知程序）。若单位未履行程序：

   • 行政层面：可向劳动监察部门投诉，要求单位撤销违法处分。
     
   • 仲裁/诉讼层面：可申请劳动仲裁或提起诉讼，主张单位行为违法并要求赔偿（如工资损失、名誉损害等）。
     
   • 建议：收集单位处理程序的违法证据（如未签收的处分决定书、未召开的听证会记录等），作为维权依据。
     

行动建议：

1. 立即要求单位出具书面处理决定，明确原问题性质、处理依据及程序；
   
2. 核对单位规章制度是否合法有效（如是否经民主程序制定、是否公示）；
   
3. 根据原问题性质及追诉时效，评估单位追责的合法性；
   
4. 若单位行为违法，通过投诉、仲裁或诉讼维权；若涉嫌犯罪，尽快咨询刑事律师。
   

提示：法律问题需结合具体证据和细节分析，以上内容仅供参考。若有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询。