供应商不按时交货的合理扣款金额需根据合同约定、实际损失及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若双方在合同中已约定逾期交货的违约金或扣款比例（如“每逾期一日按合同总金额的0.1%扣款”），则原则上应按合同执行。但需注意：

   • 若约定比例过高（如超过实际损失的30%），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整；
     
   • 若约定比例过低，守约方也可主张调整至实际损失范围。
     建议：优先按合同条款处理，但需保留实际损失证据（如额外采购成本、生产停滞损失等）以备争议。

2. 合同未约定或约定不明时
   若合同未明确扣款标准，则需根据实际损失主张赔偿，包括：

   • 直接损失：如因逾期交货导致的额外采购费用、运输费用等；
     
   • 间接损失：如生产停滞导致的利润损失、客户索赔等（需证明损失与逾期交货的因果关系）。
     示例：若因供应商逾期10天交货，导致买方需紧急从其他渠道高价采购货物，额外支出5万元，则可主张扣款或赔偿5万元。
     注意：间接损失的赔偿范围可能受合同履行利益限制，需结合具体案情分析。

3. 法律限制与合理范围

   • 根据《民法典》第584条，赔偿金额不得超过违约方订立合同时预见到或应当预见到的损失；
     
   • 实践中，扣款比例通常参考行业惯例（如制造业逾期交货违约金多为合同金额的0.1%-1%/日），但需以实际损失为基础，避免被认定为“惩罚性条款”。
     

操作建议：

1. 立即书面催告供应商交货，并明确逾期责任；
   
2. 固定证据：保存合同、交货单、沟通记录、损失计算依据等；
   
3. 协商优先：可与供应商协商扣款比例，但需确保不低于实际损失；
   
4. 争议解决：若协商不成，可依据合同仲裁条款或向法院起诉，主张赔偿。
   

温馨提示：每个案件细节不同，扣款金额需结合合同条款、实际损失及证据情况综合判断。如有具体合同或损失明细，可进一步向我咨询，我会为您详细分析。