结论：公司先帮员工代付房租，并在工资中每月扣除一部分直到扣清的做法，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下，是合法的。但具体是否合法，还需结合实际情况进行判断。
分析：
劳动合同约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定劳动报酬、福利待遇等事项。因此，如果劳动合同中明确约定了公司可以代付房租并在工资中扣除相应款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。然而，这里的“克扣”通常指的是无正当理由的减发工资。如果公司代付房租的行为是基于劳动合同的约定，且扣除的款项是合理的、有明确依据的，那么这种扣除并不构成“克扣”工资。
实际操作中的注意事项：
- 透明度：公司应当确保员工清楚了解代付房租和工资扣除的具体情况，包括扣除的金额、期限等，以避免产生纠纷。
- 合理性：扣除的款项应当合理，不得超过员工实际应承担的房租费用，且不得影响员工的正常生活。
- 书面记录：公司应当保留相关的书面记录，如劳动合同、房租支付凭证、工资扣除明细等，以备查证。
潜在的法律风险：
- 如果公司未经员工同意擅自代付房租并在工资中扣除款项，或者扣除的款项不合理、无依据，那么这种做法可能构成违法。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司返还被扣除的款项并支付相应的赔偿。
建议：
- 对于公司而言，如果打算采取这种做法，应当事先与员工进行充分沟通，并在劳动合同中明确约定相关条款。同时，要确保扣除的款项合理、有依据，并保留好相关的书面记录。
- 对于员工而言，如果发现公司未经同意擅自代付房租并在工资中扣除款项，或者扣除的款项不合理、无依据，应当及时向公司提出异议，并保留好相关证据。如果公司不予理会或处理不当，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
总结：公司先帮员工代付房租并在工资中每月扣除一部分直到扣清的做法，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下是合法的。但具体是否合法还需结合实际情况进行判断，并确保操作过程中的透明度、合理性和书面记录。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。