工厂停止运营时员工的赔偿问题，需根据具体情况分情况讨论，以下是核心结论及详细分析：

1. 工厂因经营不善依法破产或解散
   根据《劳动合同法》第44条、46条，工厂终止劳动合同需支付经济补偿金，标准为：

   • 补偿基数：员工离职前12个月平均工资（含基本工资、奖金、津贴等货币性收入，但加班费不计入）；
     
   • 补偿年限：每满1年支付1个月工资，6个月以上不满1年按1年计算，不满6个月支付半个月工资；
     
   • 特殊情形：若员工月工资高于当地上年度职工月平均工资3倍的，补偿标准按3倍工资计算，且补偿年限最高不超过12年（例如：当地社平工资为8000元/月，员工月工资2.5万元，则补偿基数按2.4万元计算）。

2. 工厂未依法终止劳动合同（如未提前通知、未支付补偿）
   若工厂未履行法定程序直接停业，员工可主张：

   • 违法解除赔偿金：按经济补偿金的2倍支付（例如：工作5年应得5个月补偿，违法解除需支付10个月工资）；
     
   • 未提前30日通知的代通知金：若工厂未提前30日书面通知终止合同，需额外支付1个月工资（仅适用于《劳动合同法》第40条情形，但实践中部分地区支持工厂违法终止时一并主张）；
     
   • 欠付工资及加班费：工厂停业前未支付的工资、加班费需全额补发，并可能需支付50%-100%的赔偿金（依据《劳动合同法》第85条，需劳动行政部门责令后仍不支付时触发）。

3. 工厂拖欠社保、公积金或未缴足
   员工可要求工厂补缴停业前的社保、公积金差额，若工厂拒不补缴，可向当地社保局、公积金管理中心投诉，由行政部门强制追缴。

行动建议：

1. 立即收集证据：劳动合同、工资条、考勤记录、工厂停业通知（如公告、短信）等；
   
2. 与工厂协商补偿方案，要求出具书面终止协议并盖章；
   
3. 若协商无果，向当地劳动仲裁委申请仲裁（时效为1年内），主张经济补偿、赔偿金等；
   
4. 仲裁后若工厂仍不履行，可向法院申请强制执行。

风险提示：

• 若工厂已进入破产程序，员工需尽快向破产管理人申报债权，补偿金可能按破产财产分配顺序受偿（优先于普通债权，但滞后于职工工资、社保等）；
  
• 避免签署“自愿离职”等文件，否则可能丧失主张补偿的权利。
  

如有具体细节（如工厂停业原因、是否已通知员工等），可进一步向我说明，我会为您细化分析。