结论：工厂对员工事故处罚过重，员工在几年后一般不能直接追诉返还，但可以通过特定途径寻求救济，具体需根据处罚性质、时效规定及实际情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、处罚性质与法律关系
行政处罚或内部纪律处分：
- 若工厂对员工的处罚属于内部纪律处分（如警告、罚款、降职等），且该处罚未违反法律法规的强制性规定（如罚款金额未超过法定限额），则员工一般难以直接追诉返还。因为内部纪律处分通常属于工厂自主管理权的范畴，除非处分明显不公或违法，否则法院或仲裁机构不会轻易干预。
- 例外情况：如果处罚违反了法律法规的强制性规定（如罚款金额过高，超过了当地规定的最高限额），员工可以在知道或应当知道权利被侵害之日起一定期限内（通常为一年，具体根据当地劳动争议调解仲裁法规定），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求撤销或变更处罚决定，并返还多扣的款项。
民事赔偿或刑事处罚的误解：
- 若员工误将工厂的处罚视为民事赔偿或刑事处罚，并希望追诉返还，这通常是不成立的。因为民事赔偿是基于侵权或合同关系产生的，而刑事处罚是由国家司法机关对犯罪行为作出的，与工厂的内部处罚性质完全不同。
二、时效规定
劳动争议申请仲裁的时效期间：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，如果员工认为工厂的处罚过重，并希望追诉返还，应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出。
- 特殊情况：如果因不可抗力或有其他正当理由，当事人不能在规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
诉讼时效：
- 如果员工对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。但同样，诉讼也受到时效的限制，且通常与仲裁时效相衔接。
三、实际救济途径
与工厂协商：
- 员工可以首先尝试与工厂进行协商，说明处罚过重的情况，并寻求合理的解决方案。协商是解决劳动争议的一种有效方式，可以节省时间和成本。
申请劳动争议仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，员工需要提供相关证据证明处罚过重，并说明自己的诉求。
提起诉讼：
- 如果对仲裁裁决不服，员工可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要继续提供证据支持自己的主张，并接受法院的审理和判决。
四、建议与注意事项
及时行动：
- 员工在发现工厂处罚过重时，应及时采取行动，避免超过时效期限而丧失救济机会。
保留证据：
- 员工应保留与处罚相关的所有证据，如处罚决定书、工资单、考勤记录等，以便在协商、仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
寻求专业帮助：
- 如果员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁或诉讼等服务，帮助员工更好地维护自己的权益。
总结来说，工厂对员工事故处罚过重，员工在几年后一般不能直接追诉返还，但可以通过与工厂协商、申请劳动争议仲裁或提起诉讼等途径寻求救济。在行动过程中，员工应注意时效规定、保留证据并寻求专业帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。