结论：面对甲方无赖声称工程质量不合格，但工程已移交并投入使用的情况，你可以从以下几个方面来应对：首先，明确法律责任与举证责任；其次，收集并保存相关证据；最后，考虑通过协商、调解或诉讼等途径解决纠纷。

1. 明确法律责任与举证责任

• 法律责任：根据《民法典》及相关法律法规，如果工程已经移交并投入使用，通常意味着甲方已经接受了工程成果。在此情况下，甲方若主张工程质量不合格，需要承担相应的举证责任。
• 举证责任：甲方需要提供充分的证据证明工程质量确实存在不合格的情况，并且这种不合格是由于你的施工或设计等原因造成的。如果甲方无法提供充分证据，其主张可能不会被法院或仲裁机构采纳。

2. 收集并保存相关证据

• 工程移交与验收文件：保留好工程移交时的相关文件，如移交清单、验收报告等，这些文件可以证明工程已经按照合同要求完成并移交给了甲方。
• 使用情况证明：如果可能的话，收集甲方使用工程的证据，如照片、视频或甲方出具的使用证明等，这些证据可以证明工程已经被甲方实际使用。
• 沟通记录：保留与甲方就工程质量问题进行沟通的所有记录，包括邮件、短信、微信等，这些记录可能包含甲方对工程质量的认可或提出异议的具体内容。

3. 考虑解决纠纷的途径

• 协商：首先尝试与甲方进行协商，了解其具体诉求和理由，看是否能够通过友好协商的方式解决纠纷。在协商过程中，可以强调工程已经移交并投入使用的事实，以及甲方需要承担的举证责任。
• 调解：如果协商无果，可以考虑通过第三方调解机构进行调解。调解机构可以协助双方沟通、协商，并尝试达成和解协议。
• 诉讼或仲裁：如果调解也无法解决纠纷，你可以根据合同中的争议解决条款，选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，你需要提供充分的证据来支持你的主张，并反驳甲方的指控。

4. 注意事项

• 及时响应：一旦甲方提出工程质量不合格的主张，你需要及时响应并采取措施，避免因为拖延而错过最佳的解决时机。
• 专业咨询：在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保你的权益得到充分保护。作为专注于合同纠纷领域的律师，我可以为你提供专业的法律咨询和帮助。
• 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有相关证据，以备不时之需。

面对甲方无赖声称工程质量不合格的情况，你需要保持冷静、理性应对，通过收集证据、明确法律责任、考虑解决纠纷的途径等方式来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。