工程完工验收合格并交付使用一段时间后，甲方又提出质量问题，您可以按照以下方式处理：

1. 依据《民法典》的规定处理：

   • 若因施工人的原因导致建设工程质量不符合约定，发包人（甲方）有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。这意味着，一旦工程在验收后被发现有质量问题，甲方可以依法要求施工单位进行无偿修复或重建。
   • 如果修复或重建工作导致了工程的逾期交付，施工人还需承担相应的违约责任。例如，若因修复工作导致工程交付时间推迟，施工人可能需要按照合同约定支付逾期交付的违约金。

2. 依据《建设工程质量管理条例》的规定处理：

   • 施工单位对建设工程的施工质量负有绝对责任，无论是实行总承包还是部分承包，总承包单位都需对其承包范围内的工程质量负责。因此，若工程出现质量问题，甲方可以向总承包单位提出索赔要求。
   • 对于分包工程，分包单位需按照分包合同的约定对其分包工程的质量向总承包单位负责，总承包单位与分包单位对分包工程的质量承担连带责任。这意味着，在工程出现质量问题时，甲方也可以向分包单位提出索赔要求，或者同时向总承包单位和分包单位提出索赔。

3. 质量缺陷责任归属判定：

   • 施工方案造成的质量缺陷责任归属问题，通常遵循“谁制订，谁负责”的原则。原则上施工方案的制订是施工单位的责任，因此由施工方案造成的质量缺陷应当由施工单位负责。
   • 如果甲方参与了施工方案的制订，即与施工单位共同制订了施工方案，则甲方也应承担相应的责任。这种责任的划分是基于施工方案制订的专业技术要求和参与程度来决定的。例如，若甲方对施工方案中的某些关键部分提出了具体要求，并因此导致了质量问题，那么甲方可能需要承担一定的责任。
   • 如果甲方仅仅是同意并在施工方案上签字，而未实际参与制订过程，则不应承担责任。

4. 工程质量保证金的处理：

   • 工程质量保证金的处理方式通常是在合同中明确约定的。双方应在合同中协商好质保金的归还时间，这个时间通常与工程的缺陷责任期相关联。
   • 如果在缺陷责任期内没有出现任何工程质量上的缺陷问题，那么等到约定的缺陷责任期已过，甲方就可以要求施工单位返还质保金。
   • 缺陷责任期的最长时限通常不能超过两年的时间。这意味着，无论双方如何约定，质保金的归还时间都不得超过这个上限。
   • 在缺陷责任期内，如果工程出现质量问题，施工单位需承担相应的修复责任，且质保金的归还时间可能会因此被推迟。

针对您的情况，建议您采取以下措施：

• 首先，与施工单位进行沟通，明确质量问题的具体情况和原因，要求施工单位在合理期限内进行无偿修理或返工、改建。
• 如果施工单位拒绝履行修复义务或双方无法就修复方案达成一致，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
• 在处理过程中，注意保留相关证据，如验收报告、质量问题照片、沟通记录等，以便在需要时提供证明。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。