针对您提出的“工程投入使用后甲方说材料不合格怎么办”的问题，这里有几个核心要点需要明确和考虑，我将逐一为您详细解答。

1. 首先确认材料是否真的不合格：

   • 建议您首先与甲方进行沟通，了解他们提出材料不合格的具体依据和证据。
   • 您可以请求查看相关的检测报告或鉴定结果，以验证材料的真实质量状况。
   • 如果确实存在材料不合格的问题，那么需要进一步分析责任归属和后续处理措施。

2. 分析责任归属：

   • 如果材料不合格是由于供应商提供的材料质量问题，那么您可以考虑向供应商追究责任，包括要求退货、索赔等。
   • 如果问题出在施工过程中，比如使用不当或未按规范操作导致材料损坏或性能下降，那么可能需要分析施工方的责任。
   • 另外，也需要考虑甲方在材料验收和使用过程中是否存在过错或疏忽。

3. 与甲方协商解决方案：

   • 在确认材料不合格后，应积极与甲方进行沟通，共同商讨解决方案。
   • 可以考虑更换合格材料、修复已损坏部分或采取其他补救措施。
   • 同时，应明确责任划分和费用承担问题，避免后续产生纠纷。

4. 法律途径解决争议：

   • 如果双方无法就解决方案达成一致，或者存在严重的责任争议，那么可以考虑通过法律途径来解决。
   • 您可以咨询专业律师（即我），了解具体的法律程序和诉讼途径。
   • 在必要时，可以提起诉讼或申请仲裁，以维护您的合法权益。

综上所述，面对甲方提出材料不合格的问题，您应首先确认材料的真实质量状况，然后分析责任归属，并与甲方协商解决方案。如果无法达成一致，可以考虑通过法律途径来解决争议。在整个过程中，建议您保持冷静和理性，积极寻求妥善的解决方案。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。