面对甲方以工程质量问题为由拖欠工程款的情况，乙方需要采取一系列系统且合法的措施来维护自身权益。以下是我为您整理的详细应对策略：

一、明确合同条款与确认违约情况

首先，乙方应详细审查合同中关于工程款支付和工程质量验收的条款。确认甲方提出的工程质量问题是否确实存在，以及这些问题是否构成拒绝支付工程款的合理理由。如果合同中明确规定了工程质量验收标准和支付条件，且甲方未能提供充分证据证明工程质量不符合约定，那么甲方拖欠工程款的行为就可能构成违约。

二、友好协商与沟通

在确认甲方违约后，乙方应优先尝试与甲方进行友好协商。通过直接沟通，了解甲方拖欠工程款的具体原因，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案，如延期支付、分期付款或资产抵偿等。如果直接沟通效果不佳，可以考虑引入双方都认可的中间人进行斡旋，以促成和解。

三、发送正式催款函

若协商无果，乙方应向甲方发出正式的书面催款函。催款函中应明确列出工程名称、合同编号、已完成工作量、应付/已付/拖欠金额及支付期限，并告知甲方逾期支付的后果，如违约金、利息等。同时，建议通过EMS等可靠方式发送催款函，并保留好快递底单和查询记录，作为送达证据。

四、保留证据与准备法律文件

在整个过程中，乙方应妥善保管所有与工程项目相关的文件和记录，包括但不限于合同、施工记录、验收报告、结算单等。这些文件将是后续法律程序中的重要证据。此外，乙方还应准备相关的法律文件，如起诉状、仲裁申请书等，以便在必要时提起诉讼或仲裁。

五、考虑第三方调解

如果催款函未能促使甲方支付工程款，乙方可以考虑向第三方调解机构申请调解。例如，可以向当地的人民调解委员会或相关行业协会申请调解。这些机构通常具有专业的调解能力和经验，能够帮助双方达成和解协议。

六、采取法律救济途径

如果上述方法均未能解决问题，乙方可以根据合同中的仲裁条款或管辖约定，选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在申请仲裁或提起诉讼前，乙方应确保已收集到充分的证据来证明甲方的违约行为和自身的合法权益。同时，乙方还可以考虑申请财产保全措施，以确保判决或裁决的执行。

七、寻求专业法律咨询

在整个过程中，乙方应咨询专业律师或法律顾问的意见。他们能够提供更具体、更专业的法律建议和支持，帮助乙方制定合适的应对策略，并确保乙方的权益得到最大程度的保障。

综上所述，面对甲方以工程质量问题为由拖欠工程款的情况，乙方应综合运用协商、催款、调解、仲裁和诉讼等多种手段来维护自身权益。同时，注重证据保留和专业法律咨询也是至关重要的。希望这些建议能对您有所帮助。