核心结论：员工主动离职时，劳动合同的处理需分情况讨论，主要取决于离职的合法性、程序合规性及合同条款约定。以下是具体分析：

1. 员工合法离职的情形

根据《劳动合同法》第三十七条，员工提前30日（试用期提前3日）以书面形式通知用人单位，即可解除劳动合同。此时：

• 合同终止：员工履行通知义务后，劳动合同自通知期满之日起解除，双方权利义务终止。
• 用人单位义务：
  • 需在离职时一次性结清工资（《工资支付暂行规定》第九条）；
  • 出具离职证明（《劳动合同法》第五十条）；
  • 办理档案和社会保险关系转移手续（《劳动合同法》第五十条）。
• 员工义务：
  • 完成工作交接（《劳动合同法》第五十条第二款）；
  • 若合同约定竞业限制或保密义务，需继续履行。

建议：用人单位应要求员工签署《离职交接单》，明确交接内容及时间，避免纠纷。

2. 员工违法离职的情形

若员工未履行通知义务或未完成交接即擅自离职，可能构成违法解除劳动合同（《劳动合同法》第九十条）：

• 用人单位权利：
  • 可要求员工赔偿因违法离职造成的直接经济损失（如招聘费用、培训成本、生产损失等），但需举证损失与员工行为的因果关系；
  • 若员工未归还公司财物（如电脑、文件等），可要求返还或赔偿。
• 限制措施：用人单位不得以扣押工资、档案或拒绝出具离职证明等方式报复，否则可能面临行政处罚（《劳动合同法》第八十四条）。

建议：用人单位应通过书面催告、邮件通知等方式要求员工返岗或完成交接，并保留证据；若员工拒不配合，可依法向劳动仲裁机构申请仲裁。

3. 劳动合同中的特殊条款

若劳动合同中约定了服务期、违约金或竞业限制条款，需注意：

• 服务期与违约金：仅当用人单位为员工提供专项培训费用并约定服务期时，员工违反服务期约定需支付违约金（《劳动合同法》第二十二条）；违约金数额不得超过培训费用，且按未履行期限分摊。
• 竞业限制：若员工属于高级管理人员、技术人员或其他负有保密义务的人员，且合同约定了竞业限制条款，员工离职后需遵守竞业限制义务，用人单位需按月支付经济补偿（《劳动合同法》第二十三条）。

建议：用人单位应在合同中明确约定服务期、竞业限制的范围、期限及补偿标准，避免条款无效。

4. 实务操作中的风险防范

• 对用人单位：
  • 完善离职流程：要求员工提交书面离职申请，签署《离职协议》明确双方权利义务；
  • 及时办理手续：在员工离职后15日内办理社保转移、档案交接等手续；
  • 保留证据：保存工资发放记录、交接单、催告通知等文件，以备争议时使用。
• 对员工：
  • 履行通知义务：避免因未提前通知承担赔偿责任；
  • 主张合法权益：若用人单位拒付工资或扣押证件，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。

总结：员工主动离职时，劳动合同的处理需结合离职合法性、合同条款及实务操作综合判断。双方均应遵守法律规定，避免因程序瑕疵引发纠纷。如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合案例为您详细分析。