结论：公司删除考勤并以旷工为由辞退员工，这一行为是否合法需视具体情况而定。若公司无法证明员工旷工事实或辞退程序不合法，员工有权要求公司承担违法解除劳动合同的法律责任。以下从多个角度进行分析：
一、公司行为的合法性分析
旷工事实的证明：
- 公司需提供充分的证据证明员工存在旷工行为，如考勤记录、监控录像、同事证言等。若公司删除考勤记录，则可能无法直接证明员工旷工，除非有其他证据佐证。
- 若公司无法提供有效证据证明旷工事实，其辞退行为可能构成违法解除劳动合同。
辞退程序的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，公司辞退员工需遵循法定程序，如提前通知、听取员工意见、出具书面辞退通知等。
- 若公司未按照法定程序辞退员工，即使员工存在旷工行为，公司的辞退行为也可能因程序违法而被认定为无效。
二、员工权益保护措施
收集证据：
- 员工应尽快收集与工作相关的证据，如工作记录、同事证言、邮件往来等，以证明自己并未旷工或公司存在违法行为。
- 若公司删除了考勤记录，员工可以尝试从其他途径获取证据，如要求公司恢复考勤记录、向相关部门投诉等。
申请劳动仲裁：
- 若员工认为公司的辞退行为违法，可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担违法解除劳动合同的法律责任。
- 在劳动仲裁过程中，员工需提供充分证据证明公司的违法行为，并依据相关法律法规提出合理的仲裁请求。
寻求法律援助：
- 若员工在劳动仲裁过程中遇到困难或需要专业法律帮助，可以寻求律师的协助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁或诉讼等服务，帮助员工维护自己的合法权益。
三、可能面临的法律后果
公司承担违法解除劳动合同的法律责任：
- 若公司的辞退行为被认定为违法，公司需向员工支付赔偿金，赔偿金的标准通常为员工在公司工作每满一年支付两个月工资。
- 同时，公司还需承担因违法解除劳动合同而给员工造成的其他损失，如失业保险金损失、再就业费用等。
员工可能面临的法律风险：
- 若员工在劳动仲裁或诉讼过程中提供虚假证据或隐瞒重要事实，可能面临法律责任，如被罚款、拘留等。
- 因此，员工在维护自己合法权益的同时，也应遵守法律法规，如实提供证据和陈述事实。
建议：面对公司删除考勤并以旷工为由辞退的情况，员工应保持冷静，尽快收集证据并申请劳动仲裁。如有需要，可以寻求专业律师的协助，以确保自己的合法权益得到有效维护。若你还有其他关于劳动工伤的法律问题，可以直接向我咨询。