非法占耕地建房的立案处置工作主要由当地自然资源部门（原国土资源部门）负责。以下是详细的分析和说明：
一、立案主体与职责
当地自然资源部门在接到举报或巡查发现非法占用耕地建房后，会立即立案并展开详细调查。这一步骤是整个处理流程的基础，自然资源部门会核实建房的具体位置、面积、土地性质以及建房主体等信息，以确定所占用的土地是否确实属于耕地，以及建房行为是否未经合法审批程序。
二、处理流程
调查与认定：
- 自然资源部门会进行现场勘查，收集相关证据，包括照片、视频、测绘数据等。
- 核实建房行为是否违反了土地管理法规，特别是是否非法占用了耕地。
责令停止与改正：
- 一旦认定为非法占用耕地建房，自然资源部门会迅速下达《责令停止违法行为通知书》，要求当事人立即停止建房活动。
- 根据具体情况，政府部门可能会责令当事人在规定期限内改正违法行为，如补办用地审批手续、缴纳相关费用等。
限期拆除与恢复：
- 如果所建房屋不符合土地利用总体规划，或者无法通过补办手续使其合法化，自然资源部门将下达《责令限期拆除决定书》。
- 要求当事人在规定期限内自行拆除违法建设的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
- 若当事人逾期不拆除，政府有权依法组织强制拆除，且拆除费用由违法当事人承担。
罚款与追责：
- 自然资源部门还会根据违法情节的严重程度，对非法占用耕地建房的当事人处以罚款。
- 罚款标准通常按照非法占用土地的面积等因素确定。
- 如果非法占用耕地建房的行为违反土地管理法规，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地大量毁坏的，涉嫌犯罪，自然资源部门会将案件移送司法机关依法处理。
三、法律后果
非法占用耕地建房是严重的违法行为，不仅会导致法律后果的承担，如罚款、拆除建筑物等，还可能面临刑事责任。根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》的相关规定，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、建议与提醒
- 严格遵守土地管理法规：公众应严格遵守土地管理法规，避免非法占用耕地建房行为的发生。
- 及时整改：如果已经存在非法占用耕地建房的情况，应尽快按政府要求整改，以减少不必要的法律风险和损失。
- 咨询专业律师：在处理此类问题时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，非法占耕地建房的立案处置工作主要由当地自然资源部门负责，并会依据相关法律法规进行严格处理。公众应严格遵守土地管理法规，避免此类违法行为的发生。