针对您提出的“非法占用耕地立案后违章建筑怎么处理”的问题，以下是我为您整理的详细解答：

当非法占用耕地的行为被立案后，政府会依据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规进行一系列严格的处理措施。这些措施旨在保护土地资源，维护法律的严肃性，并确保土地使用的合法性和合规性。

一、调查与认定阶段

在接到举报或巡查发现非法占用耕地建房后，当地自然资源部门（原国土资源部门）会立即立案，并展开详细的调查工作。这一步骤至关重要，它涉及核实建房的具体位置、面积、土地性质以及建房主体等信息。通过调查，自然资源部门能够确定所占用的土地是否确实属于耕地，以及建房行为是否未经合法审批程序。这是后续处理措施的基础，也是确保处理准确有效的关键。

二、责令停止与改正阶段

一旦认定为非法占用耕地建房，自然资源部门会迅速下达《责令停止违法行为通知书》。这份通知书要求当事人立即停止建房活动，以防止违法行为进一步扩大对土地资源的破坏。同时，根据具体情况，政府部门可能会责令当事人在规定期限内改正违法行为。对于那些符合土地利用总体规划且有可能通过补办手续合法化的建房情况，当事人需要完善用地审批手续、缴纳相关费用等，以使建房行为符合法律规定。

三、限期拆除与恢复阶段

如果所建房屋不符合土地利用总体规划，或者无法通过补办手续使其合法化，自然资源部门将下达《责令限期拆除决定书》。这份决定书要求当事人在规定期限内自行拆除违法建设的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。若当事人逾期不拆除，政府有权依法组织强制拆除，且拆除费用由违法当事人承担。此外，为了保护土地资源，县级以上人民政府自然资源主管部门还会责令行为人退还非法占用的土地。

四、罚款与追责阶段

除了上述措施外，自然资源部门还会根据违法情节的严重程度，对非法占用耕地建房的当事人处以罚款。罚款标准通常按照非法占用土地的面积等因素确定。更为严重的是，如果非法占用耕地建房的行为情节特别严重，涉嫌犯罪（如非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地大量毁坏等），自然资源部门会将案件移送司法机关，依法追究当事人的刑事责任。依据《刑法》第三百四十二条规定，构成非法占用农用地罪的，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的惩罚。

综上所述，非法占用耕地建房是严重的违法行为，不仅会导致法律后果的承担，还会对个人和社会造成不必要的损失。因此，我建议您严格遵守土地管理法规，避免非法占用耕地建房行为的发生。如果已经存在此类情况，应尽快按政府要求整改，以减少不必要的法律风险和损失。希望这个解答能够对您有所帮助。