针对您提出的“违建占用耕地怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规为您提供的详细解答：
一、明确法律性质
占用耕地进行违法建设，是违反我国《土地管理法》和《城乡规划法》等法律法规的行为。这种行为不仅破坏了土地资源的合理利用，还影响了城乡规划的秩序，因此必须依法依规进行处理。
二、自行整改建议
立即停止违建行为：
- 您应首先停止一切违建活动，避免进一步加重法律责任。
拆除建筑恢复耕地原状：
- 根据《土地管理法》的规定，未经批准擅自占用耕地建设属于违法。您应自行拆除违法建筑，并将耕地恢复到可种植状态。这包括清理建筑垃圾、平整土地和改良土壤等工作，以确保耕地能够重新用于农业生产。
补办相关审批手续（如可能）：
- 如果您的建筑在拆除后，仍希望在符合规划的前提下进行建设，您可以向当地自然资源主管部门和农业农村主管部门咨询并申请补办审批手续。但需注意，这必须是在建筑符合土地利用总体规划和城乡规划要求的前提下进行，且需提交建设项目相关资料，如土地使用申请、建设规划设计方案等。经审核符合条件后，缴纳相应费用（如耕地开垦费），才有可能获得合法的用地和建设许可。
三、政府部门处理流程及法律后果
调查与取证：
- 自然资源主管部门、城管等相关执法部门会对涉嫌违法的建筑进行调查，收集证据材料，包括现场勘查、拍照、录像等，以核实建筑的用地性质、建设规模、是否符合城乡规划等情况。
下发通知与决定：
- 一旦发现违法建设行为，执法部门会立即下达责令停止建设通知书，要求您立即停止施工。随后，根据违法情节的严重程度，会下达行政处罚决定书，可能包括限期改正、拆除违法建筑、罚款等。
执行与监督：
- 您需在规定时间内履行处罚决定，如缴纳罚款、自行拆除违法建筑等。若您不主动履行，执法部门有权采取冻结银行账户、查封财产等强制措施，甚至追究刑事责任。拆除违法建筑后，还需对被破坏的耕地进行复垦和恢复，确保其能重新用于农业生产。
法律救济途径：
- 如果您对处罚决定有异议，可通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自身合法权益。
四、法律责任与后果
行政责任：
- 您可能面临罚款、拆除违法建筑等行政处罚。罚款金额根据违法占用耕地的面积和情节严重程度确定。
刑事责任：
- 若非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，您可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
五、建议与提醒
- 增强法律意识：尊重并遵守国家法律法规，通过合法途径解决问题，是避免类似问题发生的关键。
- 主动报告并配合调查：如果您发现自己或他人存在违建占用耕地的行为，应主动向当地土地管理部门或城乡规划部门报告情况，并积极配合其调查和处理工作。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类问题时，咨询有经验的律师以了解具体法律规定、评估法律责任并获得合适的法律建议是非常有帮助的。
综上所述，违建占用耕地是严重违法行为，必须依法依规进行处理。希望您能尽快采取整改措施并接受政府部门的处理，共同维护土地资源和城乡规划的秩序。