针对农田乱占耕地违建的问题，结合《土地管理法》及相关法律法规，以下提供清晰、详细、有深度的解答：

一、明确性质与后果

乱占耕地建房是严重违反《土地管理法》的行为，必须立即停止，并依法进行整治。此行为不仅破坏了宝贵的耕地资源，还影响了农业生产和粮食安全。若不及时纠正，将面临严重的法律后果。

二、自行整改

对于已发生的乱占耕地建房行为，当事人应主动采取措施进行整改：

1. 拆除违法建筑：自觉将在耕地上建设的房屋拆除，恢复耕地原貌。这是避免更严重法律后果的最直接方式。
2. 恢复耕种：拆除后，需对土地进行必要的平整、施肥和改良，确保其恢复为可耕种状态，并尽快投入农业生产。

三、政府部门处理流程

若当事人未自行整改，政府相关部门将依法介入处理：

1. 发现与制止：自然资源主管部门通过巡查、举报等方式发现违法行为后，将立即下达停建通知，要求当事人停止建设活动。
2. 调查与认定：对违法行为进行调查取证，认定违法事实，并依法作出处理决定。
3. 责令改正与拆除：
   • 对于符合土地利用规划且可通过整改消除破坏的，责令当事人在规定期限内改正或治理。
   • 对于严重违法，尤其是占用永久基本农田的，将责令限期拆除违法建筑。逾期不拆的，将依法申请法院强制执行。
4. 罚款与处分：依据法律规定，对非法占地单位及个人处以罚款（具体罚款标准根据占用土地类型和面积确定），并对直接责任人员给予行政处分。
5. 复垦要求：造成耕地破坏的，责任人需负责复垦或缴纳复垦费，以恢复耕地生产能力。

四、司法途径

当事人对政府处理决定不服时，可通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 行政复议：在知道具体行政行为之日起60日内，向上一级行政机关申请复议，请求重新审查和处理。
2. 行政诉讼：依法向人民法院提起诉讼，由法院对行政行为的合法性进行审查，并作出公正判决。

五、社会共治与预防措施

为解决乱占耕地建房问题，还需采取以下综合措施：

1. 加强宣传教育：通过广播、电视、网络等多种渠道广泛宣传土地管理法规，提高公众保护耕地意识。
2. 严格执法检查：加大监督检查力度，建立常态化巡查机制，及时发现并制止违法行为。
3. 完善政策制度：细化土地管理政策，明确耕地保护责任与法律责任，建立举报奖励机制，鼓励公众参与监督。
4. 强化规划引导：合理规划耕地保护区与建设用地，严格审批手续，确保建设用地符合土地利用总体规划。
5. 推动农村发展：加大农村投入，改善生产生活条件，提高农民收入水平，减少对耕地的过度依赖和非法占用。

综上所述，处理农田乱占耕地违建问题需要政府、社会和公众的共同努力。通过综合运用自行整改、政府执法、司法救济及社会共治等措施，可有效遏制此类违法行为的发生，切实保护耕地资源。