如果遇到非法占用耕地纪委要立案的情况，核心结论是：需积极配合调查，同时从事实认定、法律适用、程序合法性三个角度进行应对，必要时通过法律程序维护权益。以下是具体分析：

1. 积极配合调查，明确自身立场

纪委立案调查通常意味着相关行为已进入纪律审查或监察调查程序。此时，首要任务是积极配合调查工作，如实说明情况，避免因抗拒调查或隐瞒事实导致更严重的法律后果。同时，需明确自身立场：

• 若确实存在非法占用耕地行为，需承认错误并积极整改（如退还土地、恢复原状等），争取从轻处理；
• 若认为行为不构成违法或存在争议，需在配合调查的同时，保留相关证据（如土地权属证明、审批文件、使用合同等），为后续申诉或辩护做准备。

2. 从事实认定角度应对

非法占用耕地的核心事实是“未经批准或违反批准内容占用土地”。需重点审查：

• 土地性质：确认所占用土地是否属于耕地（需以国土部门土地利用现状图或规划文件为准）；
• 占用行为：是否存在实际占用行为（如建设、堆放、耕作等），以及占用面积、时间等；
• 审批情况：是否取得合法用地手续（如农用地转用审批、临时用地许可等），或是否存在超范围、超期限占用等情形。 若事实认定存在偏差（如土地性质误判、占用面积计算错误等），需及时提出异议并提供证据。

3. 从法律适用角度应对

非法占用耕地的法律责任主要依据《土地管理法》《刑法》及相关司法解释：

• 行政责任：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用耕地的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款；
• 刑事责任：根据《刑法》第三百四十二条，非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地大量毁坏的，构成非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。 需重点审查：占用面积是否达到刑事立案标准、是否造成耕地“大量毁坏”（如硬化、挖沙、采矿等导致土地无法复垦）。若未达到刑事标准，可主张仅承担行政责任。

4. 从程序合法性角度应对

纪委立案调查需遵循法定程序，包括：

• 管辖权：确认纪委是否对案件有管辖权（如涉及公职人员违法违纪的，由纪委监委管辖；普通民事或行政案件由其他部门处理）；
• 调查程序：调查过程中是否保障了当事人的陈述、申辩权，是否依法收集证据（如询问笔录、现场勘验、鉴定意见等）；
• 立案依据：立案是否基于充分的事实和法律依据，是否存在滥用职权或程序违法情形。 若程序存在瑕疵（如未依法告知权利、证据收集违法等），可提出程序违法异议，要求撤销立案或排除非法证据。

5. 后续法律程序建议

• 行政复议或诉讼：若对行政处罚决定不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼；
• 刑事辩护：若案件移送检察机关审查起诉，可委托律师介入，从事实、法律、程序等角度提出辩护意见，争取不起诉或轻判；
• 申诉或控告：若认为纪委调查程序违法或存在其他侵权行为，可向其上级机关或监察委员会提出申诉或控告。

最后提醒：非法占用耕地问题涉及行政、刑事双重责任，且纪委调查程序严格，建议根据具体情况制定应对策略。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可直接向我咨询，我会结合您的案件细节提供更精准的建议。