破坏耕地的立案主体，主要取决于破坏行为的性质和严重程度，一般由公安机关或自然资源主管部门负责立案。以下是对此问题的详细分析：

1. 公安机关立案的情况：

   • 当破坏耕地的行为涉嫌构成犯罪，如非法占用农用地罪时，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关应当立案侦查。非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。这种情况下，公安机关会依法进行调查取证，追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

2. 自然资源主管部门立案的情况：

   • 如果破坏耕地的行为尚未构成犯罪，但违反了土地管理法规，如未经批准擅自占用耕地、破坏耕地种植条件等，那么根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，自然资源主管部门（原国土资源部门）有权对此类违法行为进行立案查处。自然资源主管部门会依法进行调查，并根据违法行为的性质和情节，作出相应的行政处罚决定，如责令限期改正、罚款等。

在实际操作中，如何判断由哪个部门立案：

• 这通常取决于破坏行为的严重程度和是否构成犯罪。如果破坏行为较为轻微，未造成严重后果，且不构成犯罪，那么一般由自然资源主管部门负责立案查处。
• 如果破坏行为严重，造成了耕地大量毁坏，且涉嫌构成犯罪，那么公安机关应当立案侦查。

建议：

• 如果您发现有人破坏耕地，首先应当判断破坏行为的性质和严重程度。
• 如果怀疑构成犯罪，应及时向公安机关报案；如果认为只是违反土地管理法规的违法行为，可以向自然资源主管部门举报。
• 在任何情况下，都应当保留好相关证据，如照片、视频、证人证言等，以便在立案和查处过程中提供有力支持。

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