结论前置：面对工厂不配合进行职业病认定的情况，员工应依法采取积极措施来维护自身权益，这包括了解相关法律法规、收集充分证据、与公司沟通协商、寻求政府部门帮助、自行申请职业病鉴定，并在必要时通过法律途径维权。

一、了解相关法律法规和权益

员工应首先熟悉《中华人民共和国职业病防治法》等相关法律规定，明确自己在职业病诊断、鉴定过程中的权利，以及工厂应承担的义务。这包括但不限于知情权、诊断权、治疗权及获得赔偿的权利等。特别是《职业病防治法》第四十九条和第五十条，明确规定了工厂在职业病诊断、鉴定过程中的责任和义务，以及员工在遭遇工厂不配合时的维权途径。

二、收集相关证据

1. 职业接触史证据：

   • 劳动合同：这是证明劳动关系及工作岗位、内容的关键文件。
   • 工资条、工作证、考勤记录：这些可以辅助证明工作情况及接触职业病危害因素的时长和经历。

2. 职业病危害接触证据：

   • 工作场所环境监测数据：如空气中有害物质浓度检测报告，员工可以向工厂要求提供，或者请求安全生产监督管理部门进行检测。
   • 同事证言：如果有同事能够证明工作环境中存在职业病危害因素，他们的证言也是重要的证据。
   • 医疗记录：如果员工已经出现与职业病相关的症状，相关的医疗记录也是证明职业病与工作环境存在关联的重要证据。

三、与公司沟通协商

在收集了充分证据后，员工应首先尝试与工厂进行沟通协商，明确表达希望进行职业病鉴定的意愿，并要求工厂提供必要的协助和支持。如果工厂仍然拒绝配合，员工可以进一步采取其他措施。

四、寻求政府部门帮助

如果工厂拒绝配合进行职业病鉴定，员工可以向当地的安全生产监督管理部门、卫生行政部门或劳动保障监察机构投诉举报工厂的违法行为。这些部门有权对工厂进行调查处理，并责令其改正。

五、自行申请职业病鉴定

在投诉举报的同时，员工也可以考虑自行申请职业病鉴定。根据《职业病防治法》的相关规定，员工有权在工厂不配合的情况下，自行向职业病诊断机构申请职业病鉴定。在申请时，员工需要提交与职业病诊断、鉴定有关的资料，包括职业接触史、职业病危害接触证据等。

六、通过法律途径维权

如果投诉举报和自行申请职业病鉴定都未能解决问题，员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提交充分证据证明工厂的不配合行为及其对自身权益造成的损害。如果员工对仲裁裁决不服，还可以依法向人民法院提起诉讼。

额外建议：在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自己的权益。同时，员工也可以考虑寻求法律援助机构的帮助，或者向我咨询具体的法律问题，以便更好地维护自己的权益。面对复杂的法律程序和专业知识要求，专业的指导和帮助将是非常有益的。