工厂不配合做工伤鉴定时，劳动者可采取以下措施维护自身权益：

1. 自行申请工伤认定
   根据《工伤保险条例》第十七条，劳动者或其近亲属可在事故伤害发生之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。需准备材料包括：工伤认定申请表、劳动关系证明（如劳动合同、工资条等）、医疗诊断证明等。即使工厂不配合，只要材料齐全，社保部门仍会受理并调查核实。

2. 通过劳动仲裁确认劳动关系
   若工厂否认劳动关系（常见拖延手段），劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认与工厂存在劳动关系。仲裁裁决生效后，可作为工伤认定的关键证据。此步骤需注意：仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

3. 申请劳动能力鉴定
   工伤认定后，若需评定伤残等级，劳动者可携带《工伤认定决定书》、医疗资料等，直接向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请鉴定。工厂是否配合不影响鉴定程序，但若工厂拒不提供相关医疗记录，劳动者可要求社保部门调取或自行补充证据。

4. 投诉举报与行政干预
   向当地劳动监察大队投诉工厂不配合行为，监察部门可责令工厂限期改正；若工厂拒不执行，可能面临行政处罚。同时，可向社保部门说明情况，请求其依职权调查或直接启动认定程序。

5. 诉讼途径
   若工厂仍不履行义务，劳动者可在仲裁或诉讼中要求工厂承担工伤待遇赔偿责任（如医疗费、伤残补助金等）。法院可根据已生效的工伤认定决定或仲裁裁决，直接判决工厂支付相应费用。

关键提醒：

• 保留所有证据原件（如医疗记录、工作证、工资转账记录等），复印件需加盖工厂公章或由负责人签字确认；
  
• 行动需在法定时效内（工伤认定1年、仲裁1年），逾期可能丧失权利；
  
• 若工厂未缴纳工伤保险，所有工伤待遇均由工厂承担，劳动者可主张双倍赔偿差额。
  

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