针对您提出的“如果厂子里不配合工伤认定怎么处理”的问题，我会从以下几个方面为您详细解答：
一、明确工伤认定的责任主体
首先，您需要明确自己与哪家公司存在劳动关系。根据您描述的情况，您在A公司签署了劳动合同并缴纳了社保，但实际在B公司工作。这种情况下，关键在于确定您与哪家公司存在事实上的劳动关系。
如果与A公司存在劳动关系：
- 原则上，应以A公司为用人单位申请工伤认定。即使您实际在B公司工作，如果这种工作安排被认定为“劳务派遣”或“借调”关系，那么A公司作为您的劳动合同签订方和社保缴纳方，应承担工伤认定的责任。
- 您需要收集与A公司的劳动合同、社保缴纳记录等证据，以证明您与A公司的劳动关系。
如果与B公司存在事实劳动关系：
- 如果B公司实际管理您的工作（如考勤、发放工资等），且您与B公司之间存在事实上的劳动关系，那么您可以尝试同时主张与B公司存在事实劳动关系，并要求其承担连带责任。
- 在这种情况下，您需要收集与B公司的工作记录、工资发放记录等证据，以证明您与B公司的事实劳动关系。
二、公司不配合工伤认定的处理方式
如果公司不配合工伤认定，您可以采取以下措施：
自行申请工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》的规定，用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 您需要准备相关证据材料，如劳动合同、社保缴纳记录、工作记录、医疗证明等，以支持您的工伤认定申请。
申请劳动仲裁确认责任主体：
- 如果与公司的劳动关系存在争议，您可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，确认您与哪家公司存在劳动关系。
- 劳动仲裁机构将根据您提供的证据和法律规定，作出裁决，确定责任主体。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 如果您在处理工伤认定过程中遇到困难或疑问，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
- 律师将为您提供专业的法律建议和指导，帮助您维护自己的合法权益。
三、工伤认定后的后续处理
劳动能力鉴定：
- 工伤认定后，如果伤情相对稳定且存在残疾、影响劳动能力的情况，您应进行劳动能力鉴定。
- 劳动能力鉴定由用人单位、工伤职工或者其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。
享受工伤保险待遇：
- 根据工伤认定和劳动能力鉴定的结果，您将享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等。
四、注意事项
- 时间限制：请注意工伤认定和劳动能力鉴定的时间限制，确保在规定时间内提出申请。
- 证据收集：在处理工伤认定过程中，务必收集并保存好相关证据材料，以支持您的申请。
- 法律途径：如果公司不配合或存在争议，不要放弃通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，如果厂子里不配合工伤认定，您可以根据自己与公司的劳动关系情况，选择自行申请工伤认定、申请劳动仲裁确认责任主体或寻求法律援助等措施来维护自己的合法权益。希望这些解答能对您有所帮助。