若公司在工伤认定过程中不配合，您仍可通过以下途径维护自身权益：
一、自行申请工伤认定
申请主体与期限：
- 您或您的近亲属可在事故伤害发生之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 若用人单位未在规定时限内提交申请，且未申请延期，期间发生的工伤待遇费用将由用人单位承担。
所需材料：
- 工伤认定申请表（需填写完整并签字）。
- 劳动关系证明材料（如劳动合同、工资条、考勤记录等）。
- 医疗机构出具的诊断证明或职业病诊断鉴定书。
- 其他相关证据（如事故现场证人证言、监控视频等）。
申请流程：
- 提交申请材料至社会保险行政部门。
- 部门受理后，将根据需要对事故进行调查核实。
- 您应积极配合提供相关证据，以支持工伤认定。
二、调查取证与举证责任倒置
调查取证：
- 社会保险行政部门受理申请后，有权对事故进行调查核实。
- 您应提供事故现场证人证言、监控视频等证据，以证明工伤事实。
举证责任倒置：
- 若公司不认为是工伤，由公司承担举证责任。
- 若公司无正当理由拒不举证，社会保险行政部门可根据您提供的证据作出工伤认定决定。
三、对工伤认定结论不服的救济途径
行政复议：
- 若公司对工伤认定结论不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议。
行政诉讼：
- 若公司对行政复议结果仍不服，可在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起行政诉讼。
- 行政复议或行政诉讼期间，工伤认定决定不停止执行。
四、通过劳动仲裁维护权益
仲裁请求：
- 若公司不配合工伤认定，导致您无法及时享受工伤待遇，您可通过劳动仲裁要求公司承担赔偿责任。
- 仲裁请求可包括医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴等。
仲裁流程：
- 提交仲裁申请书及相关证据至劳动争议仲裁委员会。
- 仲裁委员会将依法受理并安排开庭审理。
- 仲裁裁决具有法律效力，若公司不履行，您可向人民法院申请强制执行。
五、法律建议与注意事项
及时收集证据：
- 在事故发生后，尽快收集劳动合同、工资条、考勤记录、医院诊断证明等证据。
- 保留事故现场照片、视频等，以证明工伤事实。
积极配合调查：
- 在社会保险行政部门调查过程中，积极提供证据并配合调查。
- 若公司拒绝提供相关材料，及时向部门反映情况。
关注时效限制：
- 注意工伤认定申请的时效限制（1年内），避免错过申请时机。
- 若对工伤认定结论不服，及时申请行政复议或提起行政诉讼。
寻求专业帮助：
- 若在工伤认定过程中遇到困难，可咨询专业律师或法律援助机构。
- 律师将为您提供法律咨询、代理申请工伤认定等服务。
示例说明：
假设您在工作中受伤，但公司拒绝配合工伤认定。您可按照以下步骤操作：
- 收集劳动合同、工资条、医院诊断证明等证据。
- 在事故发生之日起1年内，向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提交工伤认定申请。
- 配合部门调查，提供事故现场证人证言等证据。
- 若公司不认为是工伤且拒不举证，部门将根据您提供的证据作出工伤认定决定。
- 若公司对认定结论不服并申请行政复议或提起行政诉讼，您可积极应诉并维护自身权益。
总结：面对公司不配合工伤认定的情况，您应积极自行申请、配合调查、利用举证责任倒置原则，并通过行政复议、行政诉讼或劳动仲裁等途径维护自身权益。在整个过程中，注意收集证据、关注时效限制，并寻求专业帮助以确保权益得到保障。